| Titre : | IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | KARTTI SOUAD, Auteur | | Année de publication : | 2023 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات | | Résumé : | Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0122023 | | Président : | KETTANI Anass | | Directeur : | IBRAHIMI Azeddine | | Juge : | OBTEL Majdouline | | Juge : | BADOU Abdallah | | Juge : | ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa |
IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات | | Résumé : | Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
| | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0122023 | | Président : | KETTANI Anass | | Directeur : | IBRAHIMI Azeddine | | Juge : | OBTEL Majdouline | | Juge : | BADOU Abdallah | | Juge : | ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa |
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