| Titre : | VALORISATION PAR APPROCHE GENOMIQUE DE BACTERIES ISOLEES DU DESERT DE MERZOUGA | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | CHEMAO-EL FIHRI MOHAMMED WALID, Auteur | | Année de publication : | 2023 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Désert Analyse génomique Paenibacillus Bacillus safensis Dynamique moléculaire Enzyme thermostable Catalase Desert Genomic analysis Paenibacillus Bacillus safensis Molecular dynamics Thermostable enzyme Catalase صحراء تحليل الجينوم باينيباسيلوس عصية سافينسيس الديناميكا الجزيئية إنزيم ثابت للحرارة كاتالاز | | Résumé : | Dans les déserts arides, les micro-organismes sont confrontés aux conditions extrêmes du milieu. Ces micro-organismes, dotés de caractéristiques leur permettant de survivre dans ce type d'habitat, sont connus pour leur potentiel en biotechnologie. Dans ce travail de thèse, les génomes des souches Bacillus safensis BcP62 et Bcs96, ainsi que celui de Paenibacillus sp. MDMC362, isolées du désert de Merzouga au Maroc, ont été analysés et ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de comprendre les bases génétiques de leur stratégie de survie et d'identifier les différentes applications biotechnologiques potentielles.
L'utilisation combinée de la dDDH (digital DNA/DNA hybridization), de l'ANI (Average nucleotide identity) et des analyses phylogénétiques ont permis de confirmer que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 appartenaient à l'espèce Bacillus safensis. Ces mêmes analyses n'ont pu identifier la souche MDMC362 qu'à l’échelle du genre, ce qui suggère qu'elle pourrait appartenir à une nouvelle espèce.
Les génomes de ces souches étaient riches en éléments génétiques impliqués dans la lutte contre divers stress. À titre d’exemple, les gènes des opérons groES-groEL et hrcA-grpE-dnaK, ainsi que ceux impliqués dans les différentes étapes de la sporulation, qui peuvent aider les bactéries à survivre aux températures élevées, ont été identifiés.
Ce travail a également révélé que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 contiennent des gènes liés à la promotion de la croissance des plantes, dont la plupart sont conservés. D’autre part, la thermostabilité d'une catalase provenant du génome de la souche Paenibacillus sp. MDMC362 a été testée à l'aide de la dynamique moléculaire. Les résultats des simulations ont démontré que la protéine maintenait sa stabilité et conservait sa structure compacte même à des températures | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0142023 | | Président : | KETTANI Anass | | Directeur : | IBRAHIMI Azeddine | | Juge : | Abdallah BADOU | | Juge : | Laila SBABOU ; Rachid ELJAOUDI | | Juge : | Idrissa DIAWARA ; Houda BENRAHMA |
VALORISATION PAR APPROCHE GENOMIQUE DE BACTERIES ISOLEES DU DESERT DE MERZOUGA [thèse] / CHEMAO-EL FIHRI MOHAMMED WALID, Auteur . - 2023. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Désert Analyse génomique Paenibacillus Bacillus safensis Dynamique moléculaire Enzyme thermostable Catalase Desert Genomic analysis Paenibacillus Bacillus safensis Molecular dynamics Thermostable enzyme Catalase صحراء تحليل الجينوم باينيباسيلوس عصية سافينسيس الديناميكا الجزيئية إنزيم ثابت للحرارة كاتالاز | | Résumé : | Dans les déserts arides, les micro-organismes sont confrontés aux conditions extrêmes du milieu. Ces micro-organismes, dotés de caractéristiques leur permettant de survivre dans ce type d'habitat, sont connus pour leur potentiel en biotechnologie. Dans ce travail de thèse, les génomes des souches Bacillus safensis BcP62 et Bcs96, ainsi que celui de Paenibacillus sp. MDMC362, isolées du désert de Merzouga au Maroc, ont été analysés et ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de comprendre les bases génétiques de leur stratégie de survie et d'identifier les différentes applications biotechnologiques potentielles.
L'utilisation combinée de la dDDH (digital DNA/DNA hybridization), de l'ANI (Average nucleotide identity) et des analyses phylogénétiques ont permis de confirmer que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 appartenaient à l'espèce Bacillus safensis. Ces mêmes analyses n'ont pu identifier la souche MDMC362 qu'à l’échelle du genre, ce qui suggère qu'elle pourrait appartenir à une nouvelle espèce.
Les génomes de ces souches étaient riches en éléments génétiques impliqués dans la lutte contre divers stress. À titre d’exemple, les gènes des opérons groES-groEL et hrcA-grpE-dnaK, ainsi que ceux impliqués dans les différentes étapes de la sporulation, qui peuvent aider les bactéries à survivre aux températures élevées, ont été identifiés.
Ce travail a également révélé que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 contiennent des gènes liés à la promotion de la croissance des plantes, dont la plupart sont conservés. D’autre part, la thermostabilité d'une catalase provenant du génome de la souche Paenibacillus sp. MDMC362 a été testée à l'aide de la dynamique moléculaire. Les résultats des simulations ont démontré que la protéine maintenait sa stabilité et conservait sa structure compacte même à des températures | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | D0142023 | | Président : | KETTANI Anass | | Directeur : | IBRAHIMI Azeddine | | Juge : | Abdallah BADOU | | Juge : | Laila SBABOU ; Rachid ELJAOUDI | | Juge : | Idrissa DIAWARA ; Houda BENRAHMA |
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