| Titre : | RECHERCHE BIO-INFORMATIQUE D’INHIBITEURS DE LA PROTEASE PRINCIPALE 3CLPRO DU SARS-COV-2 | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | Youssef ABERCHA, Auteur | | AnnĂ©e de publication : | 2022 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clĂ©s : | Apprentissage profond Bio-informatique Inhibiteurs ProtĂ©ase principale – | | RĂ©sumĂ© : | La pandémie de COVID-19 est parmi les événements les plus marquants de notre histoire
récente, cette dernière a suscité une vague de recherche des thérapies et des vaccins anti-SARSCov-2. Dans le présent travail, une recherche bio-informatique d’inhibiteurs de la protéase
principale 3CLPro du SARS-Cov-2 est réalisée. Dans un premier temps, la technique de
l’apprentissage profond est utilisée afin de trouver des molécules actives. Cela consiste à
construire un réseau de neurones de convolution profond (Deep Convolutional Network) qui
est entraîné à distinguer les molécules actives de celles qui ne le sont pas sur les éléments de la
base de données AID1706 après leur augmentation par la méthode DUD-E. Pendant la
deuxième étape, 1.3 millions molécules de appartenant à la base de données ZINC15 sont
introduites dans le modèle, sur cet ensemble les prédictions sont effectuées et 389 molécules
sont trouvées et considérées comme active contre la protéine cible. Après cette étape de
screening, les molécules retenues subissent un processus d’amarrage moléculaire en tandem qui
consiste à retenir les molécules les plus affines envers la protéase principale du SARS-Cov-2,
cette phase a réduit l’ensemble initial de 389 molécules à seulement 9. Ensuite, les 9 composés
retenus subissent une analyse pharmacocinétique et toxicologique en se basant sur la méthode
pkCSM, cette dernière analyse a culminé dans la molécule ZINC000189488212 comme étant
approprié à l’utilisation humaine par voie orale. Finalement, une évaluation de la stabilité du
complexe ligand-cible est accomplie par la simulation de la dynamique moléculaire par
GROMACS et de la mécanique moléculaire par MM-GBSA. Cette étude a démontré la stabilité
du complexe en solution pendant le temps de la simulation. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | P1082022 | | Président : | IBRAHIMI Azeddine | | Directeur : | EL JAOUDI Rachid | | Juge : | OUADGHIRI Mouna | | Juge : | RAHALI Youne | | Juge : | EL HAFIDI Naima |
RECHERCHE BIO-INFORMATIQUE D’INHIBITEURS DE LA PROTEASE PRINCIPALE 3CLPRO DU SARS-COV-2 [thèse] / Youssef ABERCHA, Auteur . - 2022. Langues : Français ( fre) | Mots-clĂ©s : | Apprentissage profond Bio-informatique Inhibiteurs ProtĂ©ase principale – | | RĂ©sumĂ© : | La pandémie de COVID-19 est parmi les événements les plus marquants de notre histoire
récente, cette dernière a suscité une vague de recherche des thérapies et des vaccins anti-SARSCov-2. Dans le présent travail, une recherche bio-informatique d’inhibiteurs de la protéase
principale 3CLPro du SARS-Cov-2 est réalisée. Dans un premier temps, la technique de
l’apprentissage profond est utilisée afin de trouver des molécules actives. Cela consiste à
construire un réseau de neurones de convolution profond (Deep Convolutional Network) qui
est entraîné à distinguer les molécules actives de celles qui ne le sont pas sur les éléments de la
base de données AID1706 après leur augmentation par la méthode DUD-E. Pendant la
deuxième étape, 1.3 millions molécules de appartenant à la base de données ZINC15 sont
introduites dans le modèle, sur cet ensemble les prédictions sont effectuées et 389 molécules
sont trouvées et considérées comme active contre la protéine cible. Après cette étape de
screening, les molécules retenues subissent un processus d’amarrage moléculaire en tandem qui
consiste à retenir les molécules les plus affines envers la protéase principale du SARS-Cov-2,
cette phase a réduit l’ensemble initial de 389 molécules à seulement 9. Ensuite, les 9 composés
retenus subissent une analyse pharmacocinétique et toxicologique en se basant sur la méthode
pkCSM, cette dernière analyse a culminé dans la molécule ZINC000189488212 comme étant
approprié à l’utilisation humaine par voie orale. Finalement, une évaluation de la stabilité du
complexe ligand-cible est accomplie par la simulation de la dynamique moléculaire par
GROMACS et de la mécanique moléculaire par MM-GBSA. Cette étude a démontré la stabilité
du complexe en solution pendant le temps de la simulation. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | P1082022 | | Président : | IBRAHIMI Azeddine | | Directeur : | EL JAOUDI Rachid | | Juge : | OUADGHIRI Mouna | | Juge : | RAHALI Youne | | Juge : | EL HAFIDI Naima |
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