Titre : | LE TITRE DU MEMOIRE ANALYSE DU GENOME DE STAPHYLOCOCCUS HAEMOLYTICUS MDMC083 ISOLE DE LA REGION DE MERZOUGA | Type de document : | thèse | Auteurs : | Amal CHADLI, Auteur | Année de publication : | 2020 | Langues : | Français (fre) | Mots-clés : | Illumina Miseq Staphylococcus haemolyticus contigs Assemblage génomique Annotation génomique Illumina Miseq Staphylococcus haemolyticus contigs Genomic assembly Genomic annotation Illumina Miseq Staphylococcus haemolyticus contigs ensamblaje genómico anotación genómica | Résumé : | Après l’isolement de la souche Staphylococcus haemolyticus MDMC083 à partir de la région de Merzouga, le génome de cette bactérie a été séquencé au sein du laboratoire de Biotechnologie Médicale à la faculté de Médecine et de Pharmacie Rabat, via la technologie Illumina Miseq en utilisant le kit Nextera XT DNA Library Preparation.
En effectuant un séquençage en paired-end, nous avons obtenu pour chaque brin 2257362 reads que nous avons par la suite assemblés en utilisant trois assembleurs différents : Spades, Minia et AByss, en choisissant à la fin les résultats du programme Spades, qui sont révélés les meilleurs par rapport aux autres, 63 contigs pour une longueur totale de 2.355 Mb avec une teneur en GC de 32.6% et une valeur N50 de 73291pb.
Les contigs obtenus avec l’assembleur Spades sont ensuite annotés en ligne via le programme RAST, ce qui nous a permis de détecter 2348 gènes, dont 2326 séquences codantes (CDS) et 22 ARNs (20 ARNt, 3 ARNr et 1 ARNm). Parmi les 2348 gènes identifiés, 32 sont impliqués dans la réponse aux différents stress.
Le séquencage NGS et l’analyse génomique d’une souche de Staphylococcus haemolyticus isolée de la région de Merzouga, a été une première scientifique au Maroc. | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0152020 | Président : | Azeddine IBRAHIMI | Directeur : | Mohamed Walid CHEMAO ELFIHRI | Juge : | KARTTI Souad |
LE TITRE DU MEMOIRE ANALYSE DU GENOME DE STAPHYLOCOCCUS HAEMOLYTICUS MDMC083 ISOLE DE LA REGION DE MERZOUGA [thèse] / Amal CHADLI, Auteur . - 2020. Langues : Français ( fre) Mots-clés : | Illumina Miseq Staphylococcus haemolyticus contigs Assemblage génomique Annotation génomique Illumina Miseq Staphylococcus haemolyticus contigs Genomic assembly Genomic annotation Illumina Miseq Staphylococcus haemolyticus contigs ensamblaje genómico anotación genómica | Résumé : | Après l’isolement de la souche Staphylococcus haemolyticus MDMC083 à partir de la région de Merzouga, le génome de cette bactérie a été séquencé au sein du laboratoire de Biotechnologie Médicale à la faculté de Médecine et de Pharmacie Rabat, via la technologie Illumina Miseq en utilisant le kit Nextera XT DNA Library Preparation.
En effectuant un séquençage en paired-end, nous avons obtenu pour chaque brin 2257362 reads que nous avons par la suite assemblés en utilisant trois assembleurs différents : Spades, Minia et AByss, en choisissant à la fin les résultats du programme Spades, qui sont révélés les meilleurs par rapport aux autres, 63 contigs pour une longueur totale de 2.355 Mb avec une teneur en GC de 32.6% et une valeur N50 de 73291pb.
Les contigs obtenus avec l’assembleur Spades sont ensuite annotés en ligne via le programme RAST, ce qui nous a permis de détecter 2348 gènes, dont 2326 séquences codantes (CDS) et 22 ARNs (20 ARNt, 3 ARNr et 1 ARNm). Parmi les 2348 gènes identifiés, 32 sont impliqués dans la réponse aux différents stress.
Le séquencage NGS et l’analyse génomique d’une souche de Staphylococcus haemolyticus isolée de la région de Merzouga, a été une première scientifique au Maroc. | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0152020 | Président : | Azeddine IBRAHIMI | Directeur : | Mohamed Walid CHEMAO ELFIHRI | Juge : | KARTTI Souad |
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