| Titre : | SEQUENÇAGE « LONG READS », ASSEMBLAGE ET CARACTERISATION D’UNE SOUCHE BACTERIENNE : CAS ENTEROBACTER CLOACAE | | Type de document : | thèse | | Auteurs : | JABAL Imane, Auteur | | Année de publication : | 2020 | | Langues : | Français (fre) | | Mots-clés : | Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies séquençage « long reads » assemblage annotation phylogénie orthologues MLST Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies long reads sequencing assembly annotation phylogeny orthologs MLST | | Résumé : | L’espèce Enterobacter cloacae est généralement connue pour être un agent pathogène opportuniste de l’Homme. Cependant, elle est très répandue dans l’environnement (eaux, sols) et peut aussi coloniser les plantes (agents phythopathogènes ou endophytes). L’objectif du présent travail était de caractériser une souche endophite d’Enterobacter cloacae « INRA-E3 » isolée à partir de racines d’arganier (Argania spinosa). Le séquençage du génome complet de cette souche a été réalisé à l’aide de la technologie Nanopore Oxford en utilisant le MinION. Le séquençage a généré 180,000 reads qui ont été assemblé à l’aide des programmes Pomoxis et Flye générant un seul contig d’une taille de 4, 839,657 pb et 4, 827,541 pb respectivement. L’annotation réalisée à l’aide des programmes Prokka et RAST a révélé la présence de gènes liés à l’assimilation et à l’échange de nutriments, au chimiotactisme et à l’adhésion aux plantes. D’autres gènes de résistance aux antibiotiques, aux substances toxiques, et aux stress (osmotique, périplasmique, manque de carbone, etc.). Des gènes liés à la production de sidérophores et de bactériocines ont aussi été identifiés, révélant un caractère endophyte de cette souche capable de vivre et de s’adapter à la rhizosphère de cette plante endémique. La phylogénie de la souche INRA-E3 a été également déterminée en la comparant à vingt-deux autres souches appartenant au complexe Enterobacter cloacae et ceci en s’appuyant sur deux analyses à savoir une analyse des orthologues et une analyse des gènes de ménages (MLST). Les deux arbres générés ont pu distinguer la souche INRA-E3 comme étant une nouvelle souche et l’ont associé à une espèce endophyte. Cependant toutes les espèces n’ont pu être regroupées selon leur mode de vie. Ceci s’explique par le fait que les deux analyses utilisent des gènes communément présents chez toutes les espèces et ne prennent pas en considération les plasmides ni les régions variables responsables de la virulence ou de la formation de fimbriaes. Ces résultats illustrent d’une part, la grande complexité de la taxonomie des entérobactéries et permettent d’autre part, de mieux comprendre les interactions plantes-bactéries. En effet, la caractérisation génomique de cette souche met bien en valeur les capacités endophyte de cet isolat et son éventuelle utilisation à titre d’agent favorisant la croissance des plantes et/ou agent de biocontrôle. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0462020 | | Président : | IBRAHIMI Azeddine | | Directeur : | MENTAG Rachid | | Juge : | KHAYI Slimane | | Juge : | KARTI Souad |
SEQUENÇAGE « LONG READS », ASSEMBLAGE ET CARACTERISATION D’UNE SOUCHE BACTERIENNE : CAS ENTEROBACTER CLOACAE [thèse] / JABAL Imane, Auteur . - 2020. Langues : Français ( fre) | Mots-clés : | Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies séquençage « long reads » assemblage annotation phylogénie orthologues MLST Enterobacter cloacae MinION Oxford Nanopore Technologies long reads sequencing assembly annotation phylogeny orthologs MLST | | Résumé : | L’espèce Enterobacter cloacae est généralement connue pour être un agent pathogène opportuniste de l’Homme. Cependant, elle est très répandue dans l’environnement (eaux, sols) et peut aussi coloniser les plantes (agents phythopathogènes ou endophytes). L’objectif du présent travail était de caractériser une souche endophite d’Enterobacter cloacae « INRA-E3 » isolée à partir de racines d’arganier (Argania spinosa). Le séquençage du génome complet de cette souche a été réalisé à l’aide de la technologie Nanopore Oxford en utilisant le MinION. Le séquençage a généré 180,000 reads qui ont été assemblé à l’aide des programmes Pomoxis et Flye générant un seul contig d’une taille de 4, 839,657 pb et 4, 827,541 pb respectivement. L’annotation réalisée à l’aide des programmes Prokka et RAST a révélé la présence de gènes liés à l’assimilation et à l’échange de nutriments, au chimiotactisme et à l’adhésion aux plantes. D’autres gènes de résistance aux antibiotiques, aux substances toxiques, et aux stress (osmotique, périplasmique, manque de carbone, etc.). Des gènes liés à la production de sidérophores et de bactériocines ont aussi été identifiés, révélant un caractère endophyte de cette souche capable de vivre et de s’adapter à la rhizosphère de cette plante endémique. La phylogénie de la souche INRA-E3 a été également déterminée en la comparant à vingt-deux autres souches appartenant au complexe Enterobacter cloacae et ceci en s’appuyant sur deux analyses à savoir une analyse des orthologues et une analyse des gènes de ménages (MLST). Les deux arbres générés ont pu distinguer la souche INRA-E3 comme étant une nouvelle souche et l’ont associé à une espèce endophyte. Cependant toutes les espèces n’ont pu être regroupées selon leur mode de vie. Ceci s’explique par le fait que les deux analyses utilisent des gènes communément présents chez toutes les espèces et ne prennent pas en considération les plasmides ni les régions variables responsables de la virulence ou de la formation de fimbriaes. Ces résultats illustrent d’une part, la grande complexité de la taxonomie des entérobactéries et permettent d’autre part, de mieux comprendre les interactions plantes-bactéries. En effet, la caractérisation génomique de cette souche met bien en valeur les capacités endophyte de cet isolat et son éventuelle utilisation à titre d’agent favorisant la croissance des plantes et/ou agent de biocontrôle. | | Numéro (Thèse ou Mémoire) : | MM0462020 | | Président : | IBRAHIMI Azeddine | | Directeur : | MENTAG Rachid | | Juge : | KHAYI Slimane | | Juge : | KARTI Souad |
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