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Titre : GENOME ASSEMBLY OF ARGANIA SPINOSA Type de document : thèse Auteurs : Abdellah IDRISSI AZAMI, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Argania spinosa Morocco Genome assembly Assemblers Annotation Mitogenome Genome Size estimate Argania spinosa Assemblage génome Assembleurs Annotation Mitogenomique Estimation de la taille du génome. Résumé : Argania spinosa is an endemic plant in the mid-western Morocco. Its oil is considered as one of
the most expensive oils in the world thanks to its nutritional value, and medical and therapeutical
effects. Genomic study of the argane tree would make the discovery of the oil and other
metabolite biosynthesis pathways easier which will help in extracting, purifying, and
ameliorating the quality of those metabolites. To achieve this purpose, the whole genome of the
argane tree has been sequenced using Illumina HiSeq Xten, and PacBio RS II technologies, the
genome size estimated using K-mer distribution, then assembled using short-reads, long-reads,
and hybrid assembly strategies using three assemblers, namely Canu, SOAPdenovo 2, and
Masurca. Results showed that hybrid assembly gave the biggest sequence size (423 Mbases), and
the higher N50 value (40 Kbases) among the three assembling approaches. The assembled
genome size was lower than the estimated genome size (630 Mb – 713Mb), which might be due
to the high heterozygosity of the plant and high repetitive regions in the genome. In order to
predict the genes structure and function of different regions in the Argane genome’s, an AB
initio gene prediction was performed, and resulted in the prediction of 115 genes, with 5128
introns, and 6073 exons. This is very low compared to expected 30000-40000 genes, which is
due to the low quality of the input assembly. Seven genes were predicted to be completed, and
annotated using homology search with BLASTp. Three of them code for Photosystems and
RuBisCO, two complexes that leads the light and the dark phases of the photosynthesis process,
two encodes for ribosomal proteins, one codes for RNA polymerase, while the seventh encodes
for the γ-Tocopherol methyltransferase, which is involved in the biosynthesis of the vitamin E.
The mitochondrial genome assembly gave a circular scaffold of 245,326 b, that contains 21
genes mainly involved in the Oxidative Phosphorylation process. Towards full exploitation of
the Genome information for oil biosynthesis pathways discovery, we will enhance the genome
assembly by using other assemblers, as well as combining manual and automated assembly
procedures.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0452020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Abdelhamid EL MOUSSADIK Juge : Noureddine HAMAMOUCH Juge : Fatima GABOUN GENOME ASSEMBLY OF ARGANIA SPINOSA [thèse] / Abdellah IDRISSI AZAMI, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Argania spinosa Morocco Genome assembly Assemblers Annotation Mitogenome Genome Size estimate Argania spinosa Assemblage génome Assembleurs Annotation Mitogenomique Estimation de la taille du génome. Résumé : Argania spinosa is an endemic plant in the mid-western Morocco. Its oil is considered as one of
the most expensive oils in the world thanks to its nutritional value, and medical and therapeutical
effects. Genomic study of the argane tree would make the discovery of the oil and other
metabolite biosynthesis pathways easier which will help in extracting, purifying, and
ameliorating the quality of those metabolites. To achieve this purpose, the whole genome of the
argane tree has been sequenced using Illumina HiSeq Xten, and PacBio RS II technologies, the
genome size estimated using K-mer distribution, then assembled using short-reads, long-reads,
and hybrid assembly strategies using three assemblers, namely Canu, SOAPdenovo 2, and
Masurca. Results showed that hybrid assembly gave the biggest sequence size (423 Mbases), and
the higher N50 value (40 Kbases) among the three assembling approaches. The assembled
genome size was lower than the estimated genome size (630 Mb – 713Mb), which might be due
to the high heterozygosity of the plant and high repetitive regions in the genome. In order to
predict the genes structure and function of different regions in the Argane genome’s, an AB
initio gene prediction was performed, and resulted in the prediction of 115 genes, with 5128
introns, and 6073 exons. This is very low compared to expected 30000-40000 genes, which is
due to the low quality of the input assembly. Seven genes were predicted to be completed, and
annotated using homology search with BLASTp. Three of them code for Photosystems and
RuBisCO, two complexes that leads the light and the dark phases of the photosynthesis process,
two encodes for ribosomal proteins, one codes for RNA polymerase, while the seventh encodes
for the γ-Tocopherol methyltransferase, which is involved in the biosynthesis of the vitamin E.
The mitochondrial genome assembly gave a circular scaffold of 245,326 b, that contains 21
genes mainly involved in the Oxidative Phosphorylation process. Towards full exploitation of
the Genome information for oil biosynthesis pathways discovery, we will enhance the genome
assembly by using other assemblers, as well as combining manual and automated assembly
procedures.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0452020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Abdelhamid EL MOUSSADIK Juge : Noureddine HAMAMOUCH Juge : Fatima GABOUN Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité MM0452020 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Mémoires de Masters Disponible Documents numériques
MM0452020URL
Titre : La médecine personnalisée: du séquençage de nouvelle génération à l’édition du génome. Type de document : thèse Auteurs : BOUAZIZI Abdelhakim, Auteur Année de publication : 2018 Langues : Français (fre) Mots-clés : La médecine personnalisée génome séquençage édition CRISPR-Cas9 Résumé : La médecine personnalisée constitue une approche de la maladie et du soin centrée sur le patient, en fonction de ses caractéristiques biologiques, génétiques et épigénétiques individuelles. Elle concerne tous les stades de l’acte médical, du diagnostic moléculaire à l’aide de biomarqueurs, aux modalités thérapeutiques ciblées.
Le séquençage de l’ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession linéaire des nucléotides. L'émergence de technologies de séquençage de nouvelle génération « NGS» a permis de séquencer avec des débits qui évoluent encore aujourd'hui de façon phénoménale. NGS permet un séquençage très efficace, rapide et peu coûteux de l'ADN ou de l'ARN. L’utilisation des technologies NGS pour le diagnostic, le pronostic, et le traitement des maladies est aujourd’hui considérée comme un développement prometteur. NGS rend possible l’identification précoce des facteurs qui permet de prédire à l’avance la présence d’une maladie et ainsi d’orienter et de personnaliser le suivi thérapeutique des patients.
L’une des applications thérapeutiques de la médecine personnalisée concerne l’édition du génome, par laquelle la séquence nucléotidique est précisément modifiée à l’aide des différents outils TALEN, ZFN et CRISPR-Cas9. Ce dernier est aujourd'hui considéré comme l'outil le plus simple, le plus précis et le moins coûteux, entraînant une popularité sans précédent pour ce domaine. Ses applications sont multiples et de nombreuses preuves de concepts ont été développées. Chacune des applications correspond à un contexte scientifique mais aussi médical. Ces contextes nous permettent de comprendre l'importance, les espoirs mais aussi les risques et les limites de ces applications. Un débat éthique autour des CRISPR se cristallise principalement sur la modification d’embryons humains et la transmission à la descendance.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1002018 Président : EL JAOUDI.R Directeur : IBRAHIMI.A Juge : EL HAFIDI.N Juge : HASSANI.A La médecine personnalisée: du séquençage de nouvelle génération à l’édition du génome. [thèse] / BOUAZIZI Abdelhakim, Auteur . - 2018.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : La médecine personnalisée génome séquençage édition CRISPR-Cas9 Résumé : La médecine personnalisée constitue une approche de la maladie et du soin centrée sur le patient, en fonction de ses caractéristiques biologiques, génétiques et épigénétiques individuelles. Elle concerne tous les stades de l’acte médical, du diagnostic moléculaire à l’aide de biomarqueurs, aux modalités thérapeutiques ciblées.
Le séquençage de l’ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession linéaire des nucléotides. L'émergence de technologies de séquençage de nouvelle génération « NGS» a permis de séquencer avec des débits qui évoluent encore aujourd'hui de façon phénoménale. NGS permet un séquençage très efficace, rapide et peu coûteux de l'ADN ou de l'ARN. L’utilisation des technologies NGS pour le diagnostic, le pronostic, et le traitement des maladies est aujourd’hui considérée comme un développement prometteur. NGS rend possible l’identification précoce des facteurs qui permet de prédire à l’avance la présence d’une maladie et ainsi d’orienter et de personnaliser le suivi thérapeutique des patients.
L’une des applications thérapeutiques de la médecine personnalisée concerne l’édition du génome, par laquelle la séquence nucléotidique est précisément modifiée à l’aide des différents outils TALEN, ZFN et CRISPR-Cas9. Ce dernier est aujourd'hui considéré comme l'outil le plus simple, le plus précis et le moins coûteux, entraînant une popularité sans précédent pour ce domaine. Ses applications sont multiples et de nombreuses preuves de concepts ont été développées. Chacune des applications correspond à un contexte scientifique mais aussi médical. Ces contextes nous permettent de comprendre l'importance, les espoirs mais aussi les risques et les limites de ces applications. Un débat éthique autour des CRISPR se cristallise principalement sur la modification d’embryons humains et la transmission à la descendance.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : P1002018 Président : EL JAOUDI.R Directeur : IBRAHIMI.A Juge : EL HAFIDI.N Juge : HASSANI.A Réservation
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Titre : THERAPIE GENIQUE ET CRISPR-CAS 9 Type de document : thèse Auteurs : Fatima Zahra EL HACHIMI, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Thérapie génique CRISPR-cas9 Génome ADN CRISPR-cas9 genome DNA gene therapy كريسبر الجينوم الحمض النووي العلاج الجيني Résumé : La découverte de la technologie CRISPR et des protéines associées (Cas) a élargi les
applications de la recherche génétique dans des milliers de laboratoires à travers le monde et
redéfinit notre approche de la thérapie génique. La thérapie génique traditionnelle a suscité
quelques inquiétudes, car sa dépendance à l'égard de l'administration de transgènes
thérapeutiques par des vecteurs viraux peut provoquer une oncogenèse par insertion et une
toxicité immunogène. Si les vecteurs viraux restent un vecteur clé, la technologie CRISPR
offre une alternative relativement simple et efficace pour l'édition de gènes spécifiques à un
site, ce qui permet de dissiper certaines inquiétudes soulevées par la thérapie génique
traditionnelle. Bien qu'elle présente des avantages apparents, la technologie CRISPR/Cas9
comporte son propre ensemble de limitations qui doivent être prises en compte pour une
application clinique sûre et efficace. Ce travail se concentre sur l'évolution de la thérapie
génique et le rôle de CRISPR dans le changement du paradigme de la thérapie génique, son
accessibilité tant technique qu’économique, son é norme potentiel révolutionnaire dans le
domaine des sciences biomédicales, qui doit toutefois être pris avec précaution.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0092022 Président : Jaouad EL HARTI Directeur : Azeddine IBRAHIMI Juge : Mouna OUADGHIRI Juge : Naima EL HAFIDI THERAPIE GENIQUE ET CRISPR-CAS 9 [thèse] / Fatima Zahra EL HACHIMI, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Thérapie génique CRISPR-cas9 Génome ADN CRISPR-cas9 genome DNA gene therapy كريسبر الجينوم الحمض النووي العلاج الجيني Résumé : La découverte de la technologie CRISPR et des protéines associées (Cas) a élargi les
applications de la recherche génétique dans des milliers de laboratoires à travers le monde et
redéfinit notre approche de la thérapie génique. La thérapie génique traditionnelle a suscité
quelques inquiétudes, car sa dépendance à l'égard de l'administration de transgènes
thérapeutiques par des vecteurs viraux peut provoquer une oncogenèse par insertion et une
toxicité immunogène. Si les vecteurs viraux restent un vecteur clé, la technologie CRISPR
offre une alternative relativement simple et efficace pour l'édition de gènes spécifiques à un
site, ce qui permet de dissiper certaines inquiétudes soulevées par la thérapie génique
traditionnelle. Bien qu'elle présente des avantages apparents, la technologie CRISPR/Cas9
comporte son propre ensemble de limitations qui doivent être prises en compte pour une
application clinique sûre et efficace. Ce travail se concentre sur l'évolution de la thérapie
génique et le rôle de CRISPR dans le changement du paradigme de la thérapie génique, son
accessibilité tant technique qu’économique, son é norme potentiel révolutionnaire dans le
domaine des sciences biomédicales, qui doit toutefois être pris avec précaution.Numéro (Thèse ou Mémoire) : P0092022 Président : Jaouad EL HARTI Directeur : Azeddine IBRAHIMI Juge : Mouna OUADGHIRI Juge : Naima EL HAFIDI Réservation
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