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Titre : EVOLUTIONARY DYNAMICS OF SARS-COV-2 DELTA AND OMICRON VARIANTS IN MOROCCO: WHOLE GENOME SEQUENCING AND GENOMIC ANALYSIS Type de document : thèse Auteurs : EL MAZOURI SAFAE, Auteur Année de publication : 2024 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : SARS-CoV-2 Variants Genomic Surveillance Evolutionary Dynamics Spike
Protein Pandemic Variants du SARS-CoV-2 Surveillance Génomique Dynamique Évolutive Protéine Spike Pandémie سالالت فيروس سارس-كوف2- مراقبة جينية ديناميات تطورية بروتين سبايك جائحةRésumé : The COVID-19 pandemic, caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2, has posed
unprecedented global health challenges. This thesis provides a comprehensive monitoring of
the genetic characteristics and evolutionary patterns of the Delta and Omicron variants of
SARS-CoV-2 in Morocco. Employing the Ion Torrent S5 Prime for Next Generation
Sequencing, we have sequenced 415 of SARS-CoV-2 genomes, submitted to the GISAID
database, from March 2020 to November 2022. The dataset specifically emphasizes the analysis
of 164 Delta and 937 Omicron genomes originating from Morocco. For the Delta variant, our
research detects at least four separate introductions into Morocco, linked to international
sources. The Delta sub-lineage AY.33 was found to be dominant in the region. This study also
uncovers three mutations in the Spike protein's N-terminal domain (NTD) specific to Moroccan
AY.33 isolates: T29A, T250I, and T299I. These mutations may affect the Spike protein's
function and have implications for the variant's behavior. In studying the Omicron variant, our
analysis identifies a distinctive genetic diversity in Moroccan SARS-CoV-2 genomes,
diverging from other global strains. This variant was introduced into Morocco through multiple
sources, as evidenced by the genomic data. Among the Omicron lineages, certain clades
demonstrated higher transmissibility, with clade 22E becoming globally dominant. Notably,
mutations in the Receptor-Binding Domain (RBD) of the Spike protein, such as K444T and
N460K, were identified. These mutations potentially enhance the variant's ability to evade
immunity conferred by vaccines. The findings from this research emphasize the importance of
continuous genomic surveillance to understand local and global genomic dynamics of SARS-
CoV-2. This approach is vital for effective pandemic response and for preparing public health
measures to mitigate the spread of current and future variants. This thesis not only enhances
our understanding of the COVID-19 pandemic in Morocco but also offers valuable insights for
international public health considerations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0052024 Président : Abdelilah LARAQUI Directeur : Mouna OUADGHIRI Juge : Abdenbi EL KARKOURI Juge : Hicham EL ANNAZ Juge : Yassir BOUSLIMAN ; Abdelhakim BOUYAHYA ; Tarik AANNIZ EVOLUTIONARY DYNAMICS OF SARS-COV-2 DELTA AND OMICRON VARIANTS IN MOROCCO: WHOLE GENOME SEQUENCING AND GENOMIC ANALYSIS [thèse] / EL MAZOURI SAFAE, Auteur . - 2024.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : SARS-CoV-2 Variants Genomic Surveillance Evolutionary Dynamics Spike
Protein Pandemic Variants du SARS-CoV-2 Surveillance Génomique Dynamique Évolutive Protéine Spike Pandémie سالالت فيروس سارس-كوف2- مراقبة جينية ديناميات تطورية بروتين سبايك جائحةRésumé : The COVID-19 pandemic, caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2, has posed
unprecedented global health challenges. This thesis provides a comprehensive monitoring of
the genetic characteristics and evolutionary patterns of the Delta and Omicron variants of
SARS-CoV-2 in Morocco. Employing the Ion Torrent S5 Prime for Next Generation
Sequencing, we have sequenced 415 of SARS-CoV-2 genomes, submitted to the GISAID
database, from March 2020 to November 2022. The dataset specifically emphasizes the analysis
of 164 Delta and 937 Omicron genomes originating from Morocco. For the Delta variant, our
research detects at least four separate introductions into Morocco, linked to international
sources. The Delta sub-lineage AY.33 was found to be dominant in the region. This study also
uncovers three mutations in the Spike protein's N-terminal domain (NTD) specific to Moroccan
AY.33 isolates: T29A, T250I, and T299I. These mutations may affect the Spike protein's
function and have implications for the variant's behavior. In studying the Omicron variant, our
analysis identifies a distinctive genetic diversity in Moroccan SARS-CoV-2 genomes,
diverging from other global strains. This variant was introduced into Morocco through multiple
sources, as evidenced by the genomic data. Among the Omicron lineages, certain clades
demonstrated higher transmissibility, with clade 22E becoming globally dominant. Notably,
mutations in the Receptor-Binding Domain (RBD) of the Spike protein, such as K444T and
N460K, were identified. These mutations potentially enhance the variant's ability to evade
immunity conferred by vaccines. The findings from this research emphasize the importance of
continuous genomic surveillance to understand local and global genomic dynamics of SARS-
CoV-2. This approach is vital for effective pandemic response and for preparing public health
measures to mitigate the spread of current and future variants. This thesis not only enhances
our understanding of the COVID-19 pandemic in Morocco but also offers valuable insights for
international public health considerations.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0052024 Président : Abdelilah LARAQUI Directeur : Mouna OUADGHIRI Juge : Abdenbi EL KARKOURI Juge : Hicham EL ANNAZ Juge : Yassir BOUSLIMAN ; Abdelhakim BOUYAHYA ; Tarik AANNIZ Réservation
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Titre : INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 Type de document : thèse Auteurs : CHAHED SALMA, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 [thèse] / CHAHED SALMA, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur Réservation
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