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4 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'analyse génomique' 
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Titre : DEVELOPMENT OF GENOMICS TYPING WEBTOOL OF HELICOBACTER PYLORI Type de document : thèse Auteurs : EL KAMILI FADOUA, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Helicobacter pylori website Drug resistance genomic Analysis Hélicobactere pylori Site Résistance aux antibiotics Analyse génomique هيليكوباكتر بيلوري موقع مقاومة المضادات الحيوية التحليل الجينومي Résumé : Helicobacter pylori is present in all regions of the world with a higher prevalence in developing countries. Almost half of the world’s population are infected with this bacterium. In this study, we present the first webtool for H pylori resistance, typing and virulence prediction based on the detection of SNPs and genes from WGS data of H pylori. The new webserver of H.pylori was made to make typing an easy approach by performing a detailed analysis of genetic variants of H.pylori strains, to provide information on genetic diversity and transmission of the bacteria in the whole world. The webserver also provides tools for virulence and resistance analysis which can play an important role in orienting the therapeutic approach and offer rapid identification and diagnosis for disease control and prevention. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0232022 Président : Ibrahimi Azeddine Directeur : EL Allali Achraf Juge : Laamarti Mariem Juge : Kandoussi Ilham DEVELOPMENT OF GENOMICS TYPING WEBTOOL OF HELICOBACTER PYLORI [thèse] / EL KAMILI FADOUA, Auteur . - 2022.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Helicobacter pylori website Drug resistance genomic Analysis Hélicobactere pylori Site Résistance aux antibiotics Analyse génomique هيليكوباكتر بيلوري موقع مقاومة المضادات الحيوية التحليل الجينومي Résumé : Helicobacter pylori is present in all regions of the world with a higher prevalence in developing countries. Almost half of the world’s population are infected with this bacterium. In this study, we present the first webtool for H pylori resistance, typing and virulence prediction based on the detection of SNPs and genes from WGS data of H pylori. The new webserver of H.pylori was made to make typing an easy approach by performing a detailed analysis of genetic variants of H.pylori strains, to provide information on genetic diversity and transmission of the bacteria in the whole world. The webserver also provides tools for virulence and resistance analysis which can play an important role in orienting the therapeutic approach and offer rapid identification and diagnosis for disease control and prevention. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0232022 Président : Ibrahimi Azeddine Directeur : EL Allali Achraf Juge : Laamarti Mariem Juge : Kandoussi Ilham Réservation
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Titre : GENOMIC ANALYSIS OF XBB VARIANT OF SARS-CoV-2 IN MOROCCO Type de document : thèse Auteurs : ELAMINE HANANE, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : SARS-CoV-2 XBB variant Genomic analysis Phylogenetic analysis substitutions molecular mechanisms variant XBB analyse génomique analyse phylogénétique substitutions mécanismes moléculaires فيروس سارس-كوف،2- المتحور إكس بي بي، تحليل الجينوم تحليل فيلوجيني استبداالت آليات
جزئيةRésumé : The global spread of SARS-CoV-2 variants has created significant public health challenges,
prompting the need for vigilant surveillance and monitoring of emerging mutations. In this
study, we conducted a comprehensive genomic analysis of four sequences of the XBB variant
of SARS-CoV-2, classified as a variant of concern by the World Health Organization (WHO),
collected in Morocco and sequenced in Medbiotech laboratory using the Ion S5 System. Our
aim was to characterize the mutational profile of this variant in Morocco, and investigate its
possible sources of introduction by a comparative analysis with 140 worldwide sequences
retrieved from GISAID. Through our genomic analysis, we identified common mutations
between the four Moroccan sequences and the 140 worldwide sequences, Our analysis revealed
transmissions of the synonymous mutation C14178T/T237T and the C14362T/I298I mutations
in the NSP12b, as well as the synonymous mutation C22792A/I410I in the S protein from three
Moroccan XBB sequences to the USA sequences, in addition to the introduction of the
synonymous mutations C5869T/Y1050Y in the NSP3, C16887T/Y217Y in the NSP13, and the
non-synonymous mutation T76I in the S protein from the USA to a Moroccan sequence. Also,
we identified the following unique non-synonymous mutations in the four Moroccan
sequences, in the Spike protein twelve substitutions in the Spike protein (F86S, N87K, D88G,
G89V, V90F, T430A, C432S, V433L, I434K, W436K, N437A, and S438T), three deletions
(P85-, F429-, S494-), two deletion-frame-shift mutations (I434-, G431-), and one insertion (-
90H), deletion in the membrane protein (F28-), as well as substitutions in NSP3 (T942I) and
NSP16 (I219L), highlighting the presence of genetic diversity within the Moroccan sequences.
Furthermore, through prediction analysis, we assessed the impact of the observed unique
substitutions in the spike protein in the Moroccan XBB sequences, we found that they
significantly affect the structure and potentially can affect the function of the protein.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0162023 Président : AANNIZ Tarik Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : LOUATI Sara GENOMIC ANALYSIS OF XBB VARIANT OF SARS-CoV-2 IN MOROCCO [thèse] / ELAMINE HANANE, Auteur . - 2023.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : SARS-CoV-2 XBB variant Genomic analysis Phylogenetic analysis substitutions molecular mechanisms variant XBB analyse génomique analyse phylogénétique substitutions mécanismes moléculaires فيروس سارس-كوف،2- المتحور إكس بي بي، تحليل الجينوم تحليل فيلوجيني استبداالت آليات
جزئيةRésumé : The global spread of SARS-CoV-2 variants has created significant public health challenges,
prompting the need for vigilant surveillance and monitoring of emerging mutations. In this
study, we conducted a comprehensive genomic analysis of four sequences of the XBB variant
of SARS-CoV-2, classified as a variant of concern by the World Health Organization (WHO),
collected in Morocco and sequenced in Medbiotech laboratory using the Ion S5 System. Our
aim was to characterize the mutational profile of this variant in Morocco, and investigate its
possible sources of introduction by a comparative analysis with 140 worldwide sequences
retrieved from GISAID. Through our genomic analysis, we identified common mutations
between the four Moroccan sequences and the 140 worldwide sequences, Our analysis revealed
transmissions of the synonymous mutation C14178T/T237T and the C14362T/I298I mutations
in the NSP12b, as well as the synonymous mutation C22792A/I410I in the S protein from three
Moroccan XBB sequences to the USA sequences, in addition to the introduction of the
synonymous mutations C5869T/Y1050Y in the NSP3, C16887T/Y217Y in the NSP13, and the
non-synonymous mutation T76I in the S protein from the USA to a Moroccan sequence. Also,
we identified the following unique non-synonymous mutations in the four Moroccan
sequences, in the Spike protein twelve substitutions in the Spike protein (F86S, N87K, D88G,
G89V, V90F, T430A, C432S, V433L, I434K, W436K, N437A, and S438T), three deletions
(P85-, F429-, S494-), two deletion-frame-shift mutations (I434-, G431-), and one insertion (-
90H), deletion in the membrane protein (F28-), as well as substitutions in NSP3 (T942I) and
NSP16 (I219L), highlighting the presence of genetic diversity within the Moroccan sequences.
Furthermore, through prediction analysis, we assessed the impact of the observed unique
substitutions in the spike protein in the Moroccan XBB sequences, we found that they
significantly affect the structure and potentially can affect the function of the protein.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0162023 Président : AANNIZ Tarik Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : LOUATI Sara Réservation
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Titre : INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 Type de document : thèse Auteurs : CHAHED SALMA, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 [thèse] / CHAHED SALMA, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur Réservation
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MM0152022URL
Titre : VALORISATION PAR APPROCHE GENOMIQUE DE BACTERIES ISOLEES DU DESERT DE MERZOUGA Type de document : thèse Auteurs : CHEMAO-EL FIHRI MOHAMMED WALID, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Désert Analyse génomique Paenibacillus Bacillus safensis Dynamique moléculaire Enzyme thermostable Catalase Desert Genomic analysis Paenibacillus Bacillus safensis Molecular dynamics Thermostable enzyme Catalase صحراء تحليل الجينوم باينيباسيلوس عصية سافينسيس الديناميكا الجزيئية إنزيم ثابت للحرارة كاتالاز Résumé : Dans les déserts arides, les micro-organismes sont confrontés aux conditions extrêmes du milieu. Ces micro-organismes, dotés de caractéristiques leur permettant de survivre dans ce type d'habitat, sont connus pour leur potentiel en biotechnologie. Dans ce travail de thèse, les génomes des souches Bacillus safensis BcP62 et Bcs96, ainsi que celui de Paenibacillus sp. MDMC362, isolées du désert de Merzouga au Maroc, ont été analysés et ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de comprendre les bases génétiques de leur stratégie de survie et d'identifier les différentes applications biotechnologiques potentielles.
L'utilisation combinée de la dDDH (digital DNA/DNA hybridization), de l'ANI (Average nucleotide identity) et des analyses phylogénétiques ont permis de confirmer que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 appartenaient à l'espèce Bacillus safensis. Ces mêmes analyses n'ont pu identifier la souche MDMC362 qu'à l’échelle du genre, ce qui suggère qu'elle pourrait appartenir à une nouvelle espèce.
Les génomes de ces souches étaient riches en éléments génétiques impliqués dans la lutte contre divers stress. À titre d’exemple, les gènes des opérons groES-groEL et hrcA-grpE-dnaK, ainsi que ceux impliqués dans les différentes étapes de la sporulation, qui peuvent aider les bactéries à survivre aux températures élevées, ont été identifiés.
Ce travail a également révélé que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 contiennent des gènes liés à la promotion de la croissance des plantes, dont la plupart sont conservés. D’autre part, la thermostabilité d'une catalase provenant du génome de la souche Paenibacillus sp. MDMC362 a été testée à l'aide de la dynamique moléculaire. Les résultats des simulations ont démontré que la protéine maintenait sa stabilité et conservait sa structure compacte même à des températuresNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0142023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : Abdallah BADOU Juge : Laila SBABOU ; Rachid ELJAOUDI Juge : Idrissa DIAWARA ; Houda BENRAHMA VALORISATION PAR APPROCHE GENOMIQUE DE BACTERIES ISOLEES DU DESERT DE MERZOUGA [thèse] / CHEMAO-EL FIHRI MOHAMMED WALID, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Désert Analyse génomique Paenibacillus Bacillus safensis Dynamique moléculaire Enzyme thermostable Catalase Desert Genomic analysis Paenibacillus Bacillus safensis Molecular dynamics Thermostable enzyme Catalase صحراء تحليل الجينوم باينيباسيلوس عصية سافينسيس الديناميكا الجزيئية إنزيم ثابت للحرارة كاتالاز Résumé : Dans les déserts arides, les micro-organismes sont confrontés aux conditions extrêmes du milieu. Ces micro-organismes, dotés de caractéristiques leur permettant de survivre dans ce type d'habitat, sont connus pour leur potentiel en biotechnologie. Dans ce travail de thèse, les génomes des souches Bacillus safensis BcP62 et Bcs96, ainsi que celui de Paenibacillus sp. MDMC362, isolées du désert de Merzouga au Maroc, ont été analysés et ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de comprendre les bases génétiques de leur stratégie de survie et d'identifier les différentes applications biotechnologiques potentielles.
L'utilisation combinée de la dDDH (digital DNA/DNA hybridization), de l'ANI (Average nucleotide identity) et des analyses phylogénétiques ont permis de confirmer que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 appartenaient à l'espèce Bacillus safensis. Ces mêmes analyses n'ont pu identifier la souche MDMC362 qu'à l’échelle du genre, ce qui suggère qu'elle pourrait appartenir à une nouvelle espèce.
Les génomes de ces souches étaient riches en éléments génétiques impliqués dans la lutte contre divers stress. À titre d’exemple, les gènes des opérons groES-groEL et hrcA-grpE-dnaK, ainsi que ceux impliqués dans les différentes étapes de la sporulation, qui peuvent aider les bactéries à survivre aux températures élevées, ont été identifiés.
Ce travail a également révélé que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 contiennent des gènes liés à la promotion de la croissance des plantes, dont la plupart sont conservés. D’autre part, la thermostabilité d'une catalase provenant du génome de la souche Paenibacillus sp. MDMC362 a été testée à l'aide de la dynamique moléculaire. Les résultats des simulations ont démontré que la protéine maintenait sa stabilité et conservait sa structure compacte même à des températuresNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0142023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : Abdallah BADOU Juge : Laila SBABOU ; Rachid ELJAOUDI Juge : Idrissa DIAWARA ; Houda BENRAHMA Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0142023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
