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Titre : CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC Type de document : thèse Auteurs : KHAYI RAJAE, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات Résumé : La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362022 Président : KANDOUSSI Ilham Directeur : MOUMNI Mohieddine Juge : KARTTI Souad CARACTERISATION GENOMIQUE DES VARIANTS DU SARS-COV-2 CIRCULANT AU MAROC [thèse] / KHAYI RAJAE, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : SARS-CoV-2 Maroc Diversité génétique analyse phylogénique mutations SNP SARS-CoV-2 Morocco Genetic diversity phylogenic analysis mutations SNP سارس كوف 2 المغرب التنوع الوراثي الطفرات Résumé : La pandémie de COVID19 causée par le virus SARS-CoV-2 a gravement touché la plupart des
pays du monde y compris le Maroc. Dans ce travail de recherche, nous avons effectué une
analyse de génomique comparative des séquences du génome entier de 65 souches de SARSCoV-2 isolées au Maroc et 333 isolats de 20 autres pays pour prédire les voies de transmission
possibles de COVID19 au Maroc et voire les variations génétiques les plus fréquentes.
L'analyse phylogénétique a indiqué que les 65 séquences du Maroc appartenaient à trois clades
de GISAID : GRA, GK et O avec une forte dominance du clade GRA qui correspond au variant
Omicron.
La comparaison génomique des isolats avec la souche de référence a montré que la variabilité
génétique globale entre deux souches de Sars-Cov-2 est comprise entre 2 variants et 75 variants.
De plus, une moyenne de 53 mutations par souche été identifiée dans les séquences du SARSCoV-2 marocain, dont 50 % étaient non synonymes (faux-sens) et présents dans sept gènes (S,
M, N, E, ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7b) à fréquences variables. D’autre part le changement
de nucléotide C>T était le plus répandu et la mutation la plus fréquente dans la région non
codante était 241C>T.
Cette étude fournit un aperçu global sur la diversité des isolats marocains du SARS-CoV-2 et
montre l’importance des outils génomique pour contrôler la dissémination des variants du
SARS-CoV-2 et la veille génomique.Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0362022 Président : KANDOUSSI Ilham Directeur : MOUMNI Mohieddine Juge : KARTTI Souad Réservation
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Titre : INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 Type de document : thèse Auteurs : CHAHED SALMA, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur INTERET DE LA VEILLE GENOMIQUE EN CAS DE LA PANDEMIE: COVID 19 [thèse] / CHAHED SALMA, Auteur . - 2022.
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Mots-clés : SARS-COV-2 variants analyse génomique mutations protéine spike SARS-COV-2 variants genomic analysis mutations spike protein سارس-كوف - 2 المتغيرات التحليل الجينومي الطفرات بروتين سبايك Résumé : Coronavirus (COVID19) est une maladie infectieuse due au virus SARS-CoV-2, découverte à Wuhan en décembre 2019, il s’agit d’une maladie infectieuse extrêmement contagieuse et très réactive. La première apparition de cas et de symptômes en dehors du chine est en Thaïlande le 13 janvier 2020, celà est après deux semaines de la première apparition (début de l’épidémie), le virus est transporté par une voyageuse chinoise. Le premier cas importé a été détecté au Maroc le 02 Mars 2020, alors que le premier cas de transmission locale a été enregistré le 13 Mars 2020. Le nombre de cas confirmés a augmenté peu à peu, et la propagation du virus s’est augmentée de plus en plus. Le virus a une nature changeante, ce qui lui a poussé à donner de nouvelles variantes plus dangereuses. Ce changement nécessite une étude génomique approfondie des différentes lignées disponibles, afin de trouver la solution. Alors, en raison de l'évolution constante du virus, il est très productif de disposer de séquences continues du génome, La plupart des pays ont donc mis en place des réseaux de séquençage génomique pour aider à accomplir cette mission, le Maroc est parmi ces pays, et cela pour la détection et la confirmation de la circulation des variants et de sa propagation dans toutes les régions du royaume, Dans cette étude nous avons fait une analyse génomique des quatre variants, Alpha, Delta, Mu et Omicron, en passant par plusieurs étapes, commençant par le contrôle qualité, jusqu’au analyse et identification des lignées en utilisons plusieurs outils et plusieurs commandes. Le résultat était l’identification de plusieurs mutations propre à chaque variant. Ces mutations sont responsables de la sévérité des variants, la propagation du virus, et la gravité de la maladie en affectant des gènes responsables de l’infection et la défense immunitaire. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0152022 Président : LOUATI SARA Directeur : OUADGHIRI Mouna Juge : AANIZ TARIK Examinateur Réservation
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Titre : "PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE, CLINIQUE, THERAPEUTIQUE ET EVOLUTIF DES PATIENTS SUIVIS A L’INO POUR CANCER BRONCHOPULMONAIRE NON A PETITES CELLULES METASTATIQUE AVEC MUTATIONS EGFR ET ALK" Type de document : thèse Auteurs : BENBRAHIM OUMAIMA, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Thérapie ciblée CBPNPC driver oncogénique EGFR ALK Targeted therapy Oncogenic driver NSCLC EGFR ALK اﻟﻄﻔﺮات اﻟﻌﻼج اﻟﻤﻮﺟﮫ Résumé : Introduction :
Les thérapies ciblées ont pour objectif de bloquer la croissance ou la propagation tumorale, en interférant avec des anomalies moléculaires propres à la tumeur et absentes des tissus sains. Ces thérapies ciblées promettent d’améliorer l’efficacité thérapeutique chez les patients ayant un CBPNPC métastatique avec drivers oncogéniques .Notre étude visait à étudier les caractéristiques épidémiologiques , cliniques , paracliniques et évolutives d’une série de patients suivis à l’INO et qui ont un CBPNPC avec mutations EGFR et ALK.
Matériels et méthodes :
Notre étude est rétrospective comparative et descriptive réalisée à L’institut National d’oncologie de Rabat entre 2018-2023 , ont été inclus les patients ayant un mutation ALK/EGFR et qui ont reçu une thérapie ciblée.
Résultats :
Mutation EGFR :
-a concerné 73% des femmes et 27% des hommes non-fumeurs avec un âge moyen de 62 ans , ayant en majorité un adénocarcinome , avec une prédominance de la mutation en exon 19.
-La SSP à 6 mois est de 40% et la survie globale est de 53.3%.
Mutation ALK :
- Elle concernait 50 % des femmes et 50% d’hommes non-fumeurs avec un âge moyen de 52 ans , ayant en majorité un adénocarcinome avec une mutation ALK .
-la SSP à 6mois est de 25% et la survie globale est de 37%
Conclusion :
Nos résultats rejoignent ceux de la littérature. Cependant des études prospectives avec de grand nombre de patients sont nécessaire pour des statistiques plus promettantes.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4352023 Président : Hassan ER-RIHANI Directeur : Ibrahim EL GHISSASSI Juge : Saber BOUTAYEB Juge : Rachid TANZ Juge : Tarik MAHFOUD "PROFIL EPIDEMIOLOGIQUE, CLINIQUE, THERAPEUTIQUE ET EVOLUTIF DES PATIENTS SUIVIS A L’INO POUR CANCER BRONCHOPULMONAIRE NON A PETITES CELLULES METASTATIQUE AVEC MUTATIONS EGFR ET ALK" [thèse] / BENBRAHIM OUMAIMA, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Thérapie ciblée CBPNPC driver oncogénique EGFR ALK Targeted therapy Oncogenic driver NSCLC EGFR ALK اﻟﻄﻔﺮات اﻟﻌﻼج اﻟﻤﻮﺟﮫ Résumé : Introduction :
Les thérapies ciblées ont pour objectif de bloquer la croissance ou la propagation tumorale, en interférant avec des anomalies moléculaires propres à la tumeur et absentes des tissus sains. Ces thérapies ciblées promettent d’améliorer l’efficacité thérapeutique chez les patients ayant un CBPNPC métastatique avec drivers oncogéniques .Notre étude visait à étudier les caractéristiques épidémiologiques , cliniques , paracliniques et évolutives d’une série de patients suivis à l’INO et qui ont un CBPNPC avec mutations EGFR et ALK.
Matériels et méthodes :
Notre étude est rétrospective comparative et descriptive réalisée à L’institut National d’oncologie de Rabat entre 2018-2023 , ont été inclus les patients ayant un mutation ALK/EGFR et qui ont reçu une thérapie ciblée.
Résultats :
Mutation EGFR :
-a concerné 73% des femmes et 27% des hommes non-fumeurs avec un âge moyen de 62 ans , ayant en majorité un adénocarcinome , avec une prédominance de la mutation en exon 19.
-La SSP à 6 mois est de 40% et la survie globale est de 53.3%.
Mutation ALK :
- Elle concernait 50 % des femmes et 50% d’hommes non-fumeurs avec un âge moyen de 52 ans , ayant en majorité un adénocarcinome avec une mutation ALK .
-la SSP à 6mois est de 25% et la survie globale est de 37%
Conclusion :
Nos résultats rejoignent ceux de la littérature. Cependant des études prospectives avec de grand nombre de patients sont nécessaire pour des statistiques plus promettantes.Numéro (Thèse ou Mémoire) : M4352023 Président : Hassan ER-RIHANI Directeur : Ibrahim EL GHISSASSI Juge : Saber BOUTAYEB Juge : Rachid TANZ Juge : Tarik MAHFOUD Réservation
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