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3 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'Bioinformatique' 
Affiner la recherche Faire une suggestionETUDE DU MÉCANISME D’INTERACTION ET DE SIGNALISATION DES ACIDES GRAS VIA CD36 AVEC ET SANS INFECTION À LA COVID 19 : DÉVELOPPEMENT DE WORKFLOW D’IDENTIFICATION DE MOLÉCULES BIOACTIVES IN SILICO / JIHANE AKACHAR
Titre : ETUDE DU MÉCANISME D’INTERACTION ET DE SIGNALISATION DES ACIDES GRAS VIA CD36 AVEC ET SANS INFECTION À LA COVID 19 : DÉVELOPPEMENT DE WORKFLOW D’IDENTIFICATION DE MOLÉCULES BIOACTIVES IN SILICO Type de document : thèse Auteurs : JIHANE AKACHAR, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Acide gras CD36 Dynamique moléculaire Modélisation moléculaire Bioinformatique Conception de molécule COVID19 Fatty acid CD36 Molecular dynamics Molecular modeling Bioinformatics Molecule
design COVID19 األحماضالدهنية CD36 الدينامياتالجزيئية النمذجةالجزيئية المعلوماتيةالحيوية تصميمالجزيئات COVID19Résumé : Une consommation excessive de lipides en particulier d’Acides Gras Saturés associé à un
déséquilibre qualitatif contribue à la prévalence de l’obésité. Le récepteurs lipidiques CD36 est un
candidat plausible en tant que capteur lipidique gustatif, également induisant une cascade de
signalisation cellulaire. Le but de cette thèse a été la conception, le criblage et l'identification de
nouvelles molécules bioactives par le développement de workflow basés sur l’approche in silico.
Nous avons utilisé des séries de simulations de dynamique moléculaire de la protéine CD36, en
interaction avec un à trois acides palmitiques (PLM), afin d'établir un premier workflow pour
découvrir le mécanisme du fonctionnement du complexe CD36/Acides gras et de déterminer le rôle
structural de la Lys 164. Les résultats ont montré que la Lys164 influence d'une manière importante
sur la forme de stabilité du CD36 et. La conception grâce aux résultats du premier workflow de 15
molécules activant la voie de signalisation des acides gras et plus particulièrement ceux qui sont
spécifiques au goût de gras. Uniquement, l'analogue CIN4 a montré, par la suite, par criblage
dynamique, une dimérisation des deux domaines TM1 et TM2 qui ressemble à l'acide palmitique.
En outre, les étapes de ce premier workflow ont permis d'explorer le dysfonctionnement gustatif de
la chimio-réception des acides gras spécifiquement le "goût de gras" des patients testés positifs au
COVID-19. Les résultats de cette étude ont montré une affinité élevée et une stabilité du domaine
RBD du SARS-CoV-2 non mutant au récepteur CD36, un deuxième workflow a été établit. Le
criblage virtuel a été utilisé dans un premier temps pour identifier les épitopes critiques pour trois
cibles (CD147, CD209 et CD299). Les résultats ont montré une affinité élevée du domaine RBD du
SARS-CoV-2 pour le récepteur CD299. Le CD36 et CD299 représente, donc, une cible puissante
pour la découverte et la conception d'un nouveau groupe thérapeutiques ciblant le
dysfonctionnement du goût par le Covid 19 et neutralisant le SRAS-CoV-2.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0322021 Président : M’hammed ANSAR Directeur : Rachid EL JAOUDI ; Azeddine IBRAHIMI Co-Directeur de thèse Juge : Anas KETTANI Juge : Khalil HAMMANI Juge : EL HARTI Jaouad ; Youssef RAMLI ETUDE DU MÉCANISME D’INTERACTION ET DE SIGNALISATION DES ACIDES GRAS VIA CD36 AVEC ET SANS INFECTION À LA COVID 19 : DÉVELOPPEMENT DE WORKFLOW D’IDENTIFICATION DE MOLÉCULES BIOACTIVES IN SILICO [thèse] / JIHANE AKACHAR, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Acide gras CD36 Dynamique moléculaire Modélisation moléculaire Bioinformatique Conception de molécule COVID19 Fatty acid CD36 Molecular dynamics Molecular modeling Bioinformatics Molecule
design COVID19 األحماضالدهنية CD36 الدينامياتالجزيئية النمذجةالجزيئية المعلوماتيةالحيوية تصميمالجزيئات COVID19Résumé : Une consommation excessive de lipides en particulier d’Acides Gras Saturés associé à un
déséquilibre qualitatif contribue à la prévalence de l’obésité. Le récepteurs lipidiques CD36 est un
candidat plausible en tant que capteur lipidique gustatif, également induisant une cascade de
signalisation cellulaire. Le but de cette thèse a été la conception, le criblage et l'identification de
nouvelles molécules bioactives par le développement de workflow basés sur l’approche in silico.
Nous avons utilisé des séries de simulations de dynamique moléculaire de la protéine CD36, en
interaction avec un à trois acides palmitiques (PLM), afin d'établir un premier workflow pour
découvrir le mécanisme du fonctionnement du complexe CD36/Acides gras et de déterminer le rôle
structural de la Lys 164. Les résultats ont montré que la Lys164 influence d'une manière importante
sur la forme de stabilité du CD36 et. La conception grâce aux résultats du premier workflow de 15
molécules activant la voie de signalisation des acides gras et plus particulièrement ceux qui sont
spécifiques au goût de gras. Uniquement, l'analogue CIN4 a montré, par la suite, par criblage
dynamique, une dimérisation des deux domaines TM1 et TM2 qui ressemble à l'acide palmitique.
En outre, les étapes de ce premier workflow ont permis d'explorer le dysfonctionnement gustatif de
la chimio-réception des acides gras spécifiquement le "goût de gras" des patients testés positifs au
COVID-19. Les résultats de cette étude ont montré une affinité élevée et une stabilité du domaine
RBD du SARS-CoV-2 non mutant au récepteur CD36, un deuxième workflow a été établit. Le
criblage virtuel a été utilisé dans un premier temps pour identifier les épitopes critiques pour trois
cibles (CD147, CD209 et CD299). Les résultats ont montré une affinité élevée du domaine RBD du
SARS-CoV-2 pour le récepteur CD299. Le CD36 et CD299 représente, donc, une cible puissante
pour la découverte et la conception d'un nouveau groupe thérapeutiques ciblant le
dysfonctionnement du goût par le Covid 19 et neutralisant le SRAS-CoV-2.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0322021 Président : M’hammed ANSAR Directeur : Rachid EL JAOUDI ; Azeddine IBRAHIMI Co-Directeur de thèse Juge : Anas KETTANI Juge : Khalil HAMMANI Juge : EL HARTI Jaouad ; Youssef RAMLI Réservation
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Titre : IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA Type de document : thèse Auteurs : Nihal HABIB, Auteur Année de publication : 2020 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : miRNA transcriptomics Gene Expression regulation Differential expression Medulloblastoma Cancer RNA-seq Bioinformatics RSubread DESeq2 miARN transcriptomique régulation de l'expression génique expression différentielle médulloblastome cancer RNA-seq bioinformatique RSubread DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED MIRNAS USING RNA-SEQ DATA: A CASE STUDY IN MALE AND FEMALE CHILDREN WITH MEDULLOBLASTOMA [thèse] / Nihal HABIB, Auteur . - 2020.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : miRNA transcriptomics Gene Expression regulation Differential expression Medulloblastoma Cancer RNA-seq Bioinformatics RSubread DESeq2 miARN transcriptomique régulation de l'expression génique expression différentielle médulloblastome cancer RNA-seq bioinformatique RSubread DESeq2. Résumé : microRNAs (miRNAs) are small non-coding RNA molecules that contain approximately 22 nucleotides and they play important roles in regulating gene expression in animals, plants and some viruses. Their regulation has been implicated in the pathogenesis of a number of human pathologies including cancers. In the present work, we aimed to investigate expression profiles of micro-RNA (miRNA) in patients with Medulloblastoma cancer, which is the most common type of primary brain cancer in children. It starts in the lower back part of the brain, called the cerebellum which is involved in muscle coordination, balance and movement. . The number of methods and softwares for differential expression analysis from RNA-Seq data increased rapidly. In this comparative study, we identified and analysed Human sex-biased Micro-RNAs in infants by examining a transcriptome dataset of patients with Medulloblastoma. This was done using RSubread as a tool for mapping and its command “featurescounts” to quantify the miRNAs, and DESeq2 bioinformatics package to conduct a differential analysis of miRNAs between infant males and females. Consequently, 147 miRNAs were found differentially expressed with different abundances between the sexes.The results further highlight the applicability of miRNA expression patterns as potential markers of human Medulloblastoma cancer and most probably other cancers in children. Numéro (Thèse ou Mémoire) : MM0372020 Président : Azeddine IBRAHIMI Directeur : Hassan GHAZAL Juge : Mustapha CHAMEKH Juge : Said BARRIJAL Juge : Chohra TALBI Réservation
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MM0372020URL
Titre : THE ANTI-PROLIFERATIVE THERAPEUTIC POTENTIAL OF A SERIES OF PYRAZOLES DERIVATIVES VIA A COMPUTATIONAL STUDY AND IDENTIFICATION OF SMALL MOLECULES INHIBITING THE PROLIFERATION OF B16-F10, ACTIVATING T CELLS AND TARGETING RAF1, C-KIT Type de document : thèse Auteurs : BENNANI FATIMA EZZAHRA, Auteur Année de publication : 2022/2023 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Anticancer drug discovery Bioinformatics Chemoinformatics Pyrazole
derivatives 2D_QSAR Quantitative structure-activity relationship Molecular Dynamics
simulations ADME_T Cancer cell lines Targeted therapy EGFR RSK1 Découverte de médicaments anticancéreux Bioinformatique Chémoinformatique Dérivés de pyrazole Relation quantitatif-structure-activité en 2D (2D_QSAR) Simulations de
dynamique moléculaire ADME_T Lignées cellulaires cancéreuses Thérapie ciblée, EGFR,
RSK1 RAF1 PARP2 LIN28B CRMP2 C-RAF CYP17 c-KIT+ VEGFR HDAC9 PD1 IFNG GZMB, Raf_1 Thérapie du mélanome Inhibition des points de contrôle immunitaires RAF1 PARP2 اكتشاف دواء مضاد للسرطان، علوم المعلومات الحيوية، علوم الكيمونفورماتيكس، مشتقات البيرازول عالقة الهيكل النشطية الكمية2 D_QSAR محاكاة الديناميات الجزيئية ADME_T خطوط خاليا السرطان العالج EGFR SK1 RAF1 ،PARP2 LIN28B ،CRMP2 C-RAF CYP17 c-KIT+
VEGFR HDAC9 PD1 IFNG GZMB Raf_1عالج ميالنوما، عائقات نظام المناع
LIN28B, CRMP2, C-RAF, CYP17, c-KIT+ VEGFR, HDAC9, PD1, IFNG, GZMB, Raf_1,
melanoma therapy, Immune checkpoint blockadeRésumé : Cancer remains a global leading cause of death, posing an ongoing challenge despite
substantial progress in anticancer drug discovery. The integration of bioinformatics and
chemoinformatics has reshaped this field, streamlined processes, and reduced both time and
costs compared to traditional methods. This study employs computational techniques to
evaluate 63 synthesized pyrazole derivatives against 12 cancer cell lines, employing 2D
quantitative structure-activity relationship analysis (2D_QSAR). Molecular and dynamics
simulations target 11 prominent cancer therap.In this thesis,we predict the anticancer
potential, measured as pIC50 values, of pyrazole derivatives synthesized in-house across 12
distinct cancer cell lines. We utilize two statistical approaches, Principal Component Analysis
(PCA) and Partial Least Squares (PLS), yielding 12 2D-QSAR models. Notably, the pyrazole
demonstrates considerable antiproliferative efficacy, with pIC50 values of A-549 Lung
cancer (pIC50=9.13), MCF-7 Breast cancer (6.53<pIC50<6.88), Hela Cervical cancer
(7.19<pIC50<7.27), HepG-2 Liver cancer (5.80<pIC50<5.83), PaCa2 Pancreatic cancer
(5.89<pIC50<6.22), DLD-1 Colon cancer (7.88<pIC50<8.32), PC-3 Prostate cancer
(5.14<pCI50<5), B16-F10 Melanoma (6.30<pIC50<6.73), K562 Leukemia (pIC50=7.31),
MDA-MB-231 Breast cancer (5.89<pIC50<7.03), A2780 Ovarian cancer (8.15<pIC50<8.63),
and ACHN Kidney cancer (5.87<pCI50<6.48).Additionally, through molecular docking and
dynamics simulation studies, we identify potent pyrazole-based inhibitors/modulators against
EGFR, RSK1, RAF1, PARP2, LIN28B, CRMP2, C-RAF, CYP17, c-KIT+ VEGFR, and
HDAC9. The analyses suggest that the compounds, M33, M36, M72, M74, M76, and M77,
hold promise as inhibitors or modulators targeting these objectives. Finally, in vitro and in
vivo experiments highlight M15 as a promising candidate it effectively inhibits B16-F10 cell
proliferation with an IC50 of 3.31 μg/ml while concurrently activating T-cells expressing
various biomarkers, including CD4, CD8, Ki67, PD1, IFNG, and GZMB. Furthermore, it
modulates the expression of Raf_1 and C-Kit. Remarkably, in vivo assays confirm that M15
suppresses tumor growth, enhances effector cells, and diminishes exhausted cells.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0162022 Président : Yahia CHERRAH Directeur : Moulay Elabbes FAOUZI ; Christopher E. RUDD ; Juge : M’hammed ANSAR Juge : El Mostafa EL FAHIME ; Mourad ER-RASFA ; Youssef RAMLI ; Juge : Hicham BELLAOUI ; Saïd EL KAZZOULI ; Brahim LAKHAL Invité d’ THE ANTI-PROLIFERATIVE THERAPEUTIC POTENTIAL OF A SERIES OF PYRAZOLES DERIVATIVES VIA A COMPUTATIONAL STUDY AND IDENTIFICATION OF SMALL MOLECULES INHIBITING THE PROLIFERATION OF B16-F10, ACTIVATING T CELLS AND TARGETING RAF1, C-KIT [thèse] / BENNANI FATIMA EZZAHRA, Auteur . - 2022/2023.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Anticancer drug discovery Bioinformatics Chemoinformatics Pyrazole
derivatives 2D_QSAR Quantitative structure-activity relationship Molecular Dynamics
simulations ADME_T Cancer cell lines Targeted therapy EGFR RSK1 Découverte de médicaments anticancéreux Bioinformatique Chémoinformatique Dérivés de pyrazole Relation quantitatif-structure-activité en 2D (2D_QSAR) Simulations de
dynamique moléculaire ADME_T Lignées cellulaires cancéreuses Thérapie ciblée, EGFR,
RSK1 RAF1 PARP2 LIN28B CRMP2 C-RAF CYP17 c-KIT+ VEGFR HDAC9 PD1 IFNG GZMB, Raf_1 Thérapie du mélanome Inhibition des points de contrôle immunitaires RAF1 PARP2 اكتشاف دواء مضاد للسرطان، علوم المعلومات الحيوية، علوم الكيمونفورماتيكس، مشتقات البيرازول عالقة الهيكل النشطية الكمية2 D_QSAR محاكاة الديناميات الجزيئية ADME_T خطوط خاليا السرطان العالج EGFR SK1 RAF1 ،PARP2 LIN28B ،CRMP2 C-RAF CYP17 c-KIT+
VEGFR HDAC9 PD1 IFNG GZMB Raf_1عالج ميالنوما، عائقات نظام المناع
LIN28B, CRMP2, C-RAF, CYP17, c-KIT+ VEGFR, HDAC9, PD1, IFNG, GZMB, Raf_1,
melanoma therapy, Immune checkpoint blockadeRésumé : Cancer remains a global leading cause of death, posing an ongoing challenge despite
substantial progress in anticancer drug discovery. The integration of bioinformatics and
chemoinformatics has reshaped this field, streamlined processes, and reduced both time and
costs compared to traditional methods. This study employs computational techniques to
evaluate 63 synthesized pyrazole derivatives against 12 cancer cell lines, employing 2D
quantitative structure-activity relationship analysis (2D_QSAR). Molecular and dynamics
simulations target 11 prominent cancer therap.In this thesis,we predict the anticancer
potential, measured as pIC50 values, of pyrazole derivatives synthesized in-house across 12
distinct cancer cell lines. We utilize two statistical approaches, Principal Component Analysis
(PCA) and Partial Least Squares (PLS), yielding 12 2D-QSAR models. Notably, the pyrazole
demonstrates considerable antiproliferative efficacy, with pIC50 values of A-549 Lung
cancer (pIC50=9.13), MCF-7 Breast cancer (6.53<pIC50<6.88), Hela Cervical cancer
(7.19<pIC50<7.27), HepG-2 Liver cancer (5.80<pIC50<5.83), PaCa2 Pancreatic cancer
(5.89<pIC50<6.22), DLD-1 Colon cancer (7.88<pIC50<8.32), PC-3 Prostate cancer
(5.14<pCI50<5), B16-F10 Melanoma (6.30<pIC50<6.73), K562 Leukemia (pIC50=7.31),
MDA-MB-231 Breast cancer (5.89<pIC50<7.03), A2780 Ovarian cancer (8.15<pIC50<8.63),
and ACHN Kidney cancer (5.87<pCI50<6.48).Additionally, through molecular docking and
dynamics simulation studies, we identify potent pyrazole-based inhibitors/modulators against
EGFR, RSK1, RAF1, PARP2, LIN28B, CRMP2, C-RAF, CYP17, c-KIT+ VEGFR, and
HDAC9. The analyses suggest that the compounds, M33, M36, M72, M74, M76, and M77,
hold promise as inhibitors or modulators targeting these objectives. Finally, in vitro and in
vivo experiments highlight M15 as a promising candidate it effectively inhibits B16-F10 cell
proliferation with an IC50 of 3.31 μg/ml while concurrently activating T-cells expressing
various biomarkers, including CD4, CD8, Ki67, PD1, IFNG, and GZMB. Furthermore, it
modulates the expression of Raf_1 and C-Kit. Remarkably, in vivo assays confirm that M15
suppresses tumor growth, enhances effector cells, and diminishes exhausted cells.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0162022 Président : Yahia CHERRAH Directeur : Moulay Elabbes FAOUZI ; Christopher E. RUDD ; Juge : M’hammed ANSAR Juge : El Mostafa EL FAHIME ; Mourad ER-RASFA ; Youssef RAMLI ; Juge : Hicham BELLAOUI ; Saïd EL KAZZOULI ; Brahim LAKHAL Invité d’ Réservation
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