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5 résultat(s) recherche sur le mot-clé 'Molecular Dynamics' 
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Titre : COMPUTATIONAL MODELING AND DRUG DISCOVERY IN THE CONTEXT OF HOST-PATHOGEN INTERACTIONS: APPLICATION TO SARS-COV-2 AND AGGREGATIBACTER ACTINOMYCETEMCOMITANS Type de document : thèse Auteurs : HAKMI MOHAMMED, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Host Pathogen Interaction Computational Modeling Molecular Dynamics Molecular Docking SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Hôte pathogène interaction modélisation informatique dynamique moléculaire amarrage moléculaire SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans SARS-CoV-المضيف الممرض التفاعل النمذجة المعلوماتية، الديناميكيات الجزيئية الإرساء الجزيئي 2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Résumé : The study of host-pathogen interactions (HPIs) is crucial for understanding the mechanisms of infectious diseases and developing effective treatments. However, experimental methods for studying HPIs can be timeconsuming and yield limited results. As a result, computational methods have become an impressive tool for HPI prediction and modeling, given recent technological advances and the availability of vast amounts of genomic data. The aim of this thesis is to investigate proteomic interactions that offer insight into the critical molecular processes involved in infection mechanisms. Specifically, we focused on protein-protein interactions between the host and the pathogen, which present significant challenges related to infectious diseases and drug development. Using computational methods, we explored crucial drug targets from two human pathogens : SARS-CoV-2 and Aggregatibacter actinomycetemcomitans. For SARS-CoV-2, we examined two key proteins: the spike protein and the main protease. We investigated the interaction between the spike protein and the human ACE2 receptor and proposed novel compounds that disrupt this interaction and prevent the virus from infecting host cells. Additionally, we examined the use of existing antiviral agents to block the main protease's catalytic site and prevent its interaction with viral and possibly host proteins. For Aggregatibacter actinomycetemcomitans, we employed computational modeling and simulation to construct a high-resolution atomic model of its major virulence factor, the leukotoxin, and assessed its potential as a drug target. Furthermore, we established a computational model of the interaction between leukotoxin and its receptor LFA1, which could serve as a starting point for inhibitor design. Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine ; Jaouad El HARTI Juge : EL JAOUDI Rachid Juge : Khalil HAMMANI Juge : Samira SERRAGUI ; Oumkeltoum ENNIBI COMPUTATIONAL MODELING AND DRUG DISCOVERY IN THE CONTEXT OF HOST-PATHOGEN INTERACTIONS: APPLICATION TO SARS-COV-2 AND AGGREGATIBACTER ACTINOMYCETEMCOMITANS [thèse] / HAKMI MOHAMMED, Auteur . - 2023.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Host Pathogen Interaction Computational Modeling Molecular Dynamics Molecular Docking SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Hôte pathogène interaction modélisation informatique dynamique moléculaire amarrage moléculaire SARS-CoV-2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans SARS-CoV-المضيف الممرض التفاعل النمذجة المعلوماتية، الديناميكيات الجزيئية الإرساء الجزيئي 2 Aggregatibacter actinomycetemcomitans Résumé : The study of host-pathogen interactions (HPIs) is crucial for understanding the mechanisms of infectious diseases and developing effective treatments. However, experimental methods for studying HPIs can be timeconsuming and yield limited results. As a result, computational methods have become an impressive tool for HPI prediction and modeling, given recent technological advances and the availability of vast amounts of genomic data. The aim of this thesis is to investigate proteomic interactions that offer insight into the critical molecular processes involved in infection mechanisms. Specifically, we focused on protein-protein interactions between the host and the pathogen, which present significant challenges related to infectious diseases and drug development. Using computational methods, we explored crucial drug targets from two human pathogens : SARS-CoV-2 and Aggregatibacter actinomycetemcomitans. For SARS-CoV-2, we examined two key proteins: the spike protein and the main protease. We investigated the interaction between the spike protein and the human ACE2 receptor and proposed novel compounds that disrupt this interaction and prevent the virus from infecting host cells. Additionally, we examined the use of existing antiviral agents to block the main protease's catalytic site and prevent its interaction with viral and possibly host proteins. For Aggregatibacter actinomycetemcomitans, we employed computational modeling and simulation to construct a high-resolution atomic model of its major virulence factor, the leukotoxin, and assessed its potential as a drug target. Furthermore, we established a computational model of the interaction between leukotoxin and its receptor LFA1, which could serve as a starting point for inhibitor design. Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0112023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine ; Jaouad El HARTI Juge : EL JAOUDI Rachid Juge : Khalil HAMMANI Juge : Samira SERRAGUI ; Oumkeltoum ENNIBI Réservation
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Titre : ELUCIDATION OF THE MECHANISM OF RESISTANCE TO 4-HYDROXY TAMOXIFEN IN ESTROGEN RECEPTOR Α Y537S MUTANT AND IDENTIFICATION OF NOVEL INHIBITORS TARGETING ITS DNA BINDING DOMAIN Type de document : thèse Auteurs : BOURICHA EL MEHDI, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Anglais (eng) Mots-clés : Breast cancer Estrogen receptor α Y537S mutation DNA Binding Domain
Inhibitors Molecular dynamics Metadynamics Virtual screening Cancer du sein récepteur des œstrogènes α mutation Y537S inhibiteurs du
domaine de liaison à l'ADN dynamique moléculaire métadynamique criblage virtuel :سرطان الثدي،مستقبالت هرمون االستروجينα طفرةY537S مثبطات مجال ربط الحمض
النووي لديناميكا الجزيئية،الميتاديناميكاRésumé : Interest in developing estrogen receptor alpha (ERα) inhibitors with novel mechanism of
action for the treatment of metastatic Erα+ breast cancer is on the rise since the current anti-
estrogens face an acquired resistance to endocrine therapies caused mainly by acquired
mutations in the ligand-binding domain (LBD) of ERα. The Y537S mutation, in particular, is
associated with a higher degree of resistance among all ERα-LBD mutations by causing
constitutive activity of ERα in the absence of ligand and reducing the affinity and sensitivity
of certain antagonists such as 4-hydroxy tamoxifen (4-OHT).
In this thesis, we first aimed to decrypt the mechanism of resistance to 4-OHT in the presence
of Y537S at the atomistic level, in order to determine the key molecular features that drugs
should possess to effectively combat this resistance. In the second part, we aimed to identify
novel anti-ERα inhibitors with new chemical scaffolds, targeting the DNA binding domain
(DBD) instead of the LBD as an alternative mechanism of action.
To decrypt the mechanism of resistance to 4-OHT in the presence of Y537S, we performed a
comparative study for wild-type and Y537S mutant ERα in complex with 4-OHT using
classical molecular dynamics and metadynamics. The findings of this study indicated that
Helix 12 (H12) disruption is a typical allosteric effect of 4-OHT, allowing the receptor to
maintain an antagonistic conformation. The Y537S mutation induces the loss of this effect by
stabilising H12 through the newly formed H-bond between E380 and S537, thereby
strengthening H12 to adopt an agonistic conformation even when 4-OHT is bound.
To identify new hits with new chemical scaffold targeting DBD, we conducted a structure
based virtual screening of DrugBank against the crystal structure of ERα-DBD, followed by
molecular dynamics simulation and MM-GBSA calculation. This allowed us to identify three
molecules (DB03450, DB02593 and DB08001) showing significant stability and strong
interaction with the key amino acids during MD simulation suggesting a potential inhibition
of the target.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0202022 Président : SAILE Rachid Directeur : BRAHIMI Azeddine ; ZOUAIDIA Fouad Co-advisor Juge : KETTANI Anass Juge : El Harti Jaouad ; EL JAOUDI Rachid Juge : BADOU Abdallah ; RAMLI Youssef ELUCIDATION OF THE MECHANISM OF RESISTANCE TO 4-HYDROXY TAMOXIFEN IN ESTROGEN RECEPTOR Α Y537S MUTANT AND IDENTIFICATION OF NOVEL INHIBITORS TARGETING ITS DNA BINDING DOMAIN [thèse] / BOURICHA EL MEHDI, Auteur . - 2023.
Langues : Anglais (eng)
Mots-clés : Breast cancer Estrogen receptor α Y537S mutation DNA Binding Domain
Inhibitors Molecular dynamics Metadynamics Virtual screening Cancer du sein récepteur des œstrogènes α mutation Y537S inhibiteurs du
domaine de liaison à l'ADN dynamique moléculaire métadynamique criblage virtuel :سرطان الثدي،مستقبالت هرمون االستروجينα طفرةY537S مثبطات مجال ربط الحمض
النووي لديناميكا الجزيئية،الميتاديناميكاRésumé : Interest in developing estrogen receptor alpha (ERα) inhibitors with novel mechanism of
action for the treatment of metastatic Erα+ breast cancer is on the rise since the current anti-
estrogens face an acquired resistance to endocrine therapies caused mainly by acquired
mutations in the ligand-binding domain (LBD) of ERα. The Y537S mutation, in particular, is
associated with a higher degree of resistance among all ERα-LBD mutations by causing
constitutive activity of ERα in the absence of ligand and reducing the affinity and sensitivity
of certain antagonists such as 4-hydroxy tamoxifen (4-OHT).
In this thesis, we first aimed to decrypt the mechanism of resistance to 4-OHT in the presence
of Y537S at the atomistic level, in order to determine the key molecular features that drugs
should possess to effectively combat this resistance. In the second part, we aimed to identify
novel anti-ERα inhibitors with new chemical scaffolds, targeting the DNA binding domain
(DBD) instead of the LBD as an alternative mechanism of action.
To decrypt the mechanism of resistance to 4-OHT in the presence of Y537S, we performed a
comparative study for wild-type and Y537S mutant ERα in complex with 4-OHT using
classical molecular dynamics and metadynamics. The findings of this study indicated that
Helix 12 (H12) disruption is a typical allosteric effect of 4-OHT, allowing the receptor to
maintain an antagonistic conformation. The Y537S mutation induces the loss of this effect by
stabilising H12 through the newly formed H-bond between E380 and S537, thereby
strengthening H12 to adopt an agonistic conformation even when 4-OHT is bound.
To identify new hits with new chemical scaffold targeting DBD, we conducted a structure
based virtual screening of DrugBank against the crystal structure of ERα-DBD, followed by
molecular dynamics simulation and MM-GBSA calculation. This allowed us to identify three
molecules (DB03450, DB02593 and DB08001) showing significant stability and strong
interaction with the key amino acids during MD simulation suggesting a potential inhibition
of the target.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0202022 Président : SAILE Rachid Directeur : BRAHIMI Azeddine ; ZOUAIDIA Fouad Co-advisor Juge : KETTANI Anass Juge : El Harti Jaouad ; EL JAOUDI Rachid Juge : BADOU Abdallah ; RAMLI Youssef Réservation
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Titre : ETUDE DU MÉCANISME D’INTERACTION ET DE SIGNALISATION DES ACIDES GRAS VIA CD36 AVEC ET SANS INFECTION À LA COVID 19 : DÉVELOPPEMENT DE WORKFLOW D’IDENTIFICATION DE MOLÉCULES BIOACTIVES IN SILICO Type de document : thèse Auteurs : JIHANE AKACHAR, Auteur Année de publication : 2022 Langues : Français (fre) Mots-clés : Acide gras CD36 Dynamique moléculaire Modélisation moléculaire Bioinformatique Conception de molécule COVID19 Fatty acid CD36 Molecular dynamics Molecular modeling Bioinformatics Molecule
design COVID19 األحماضالدهنية CD36 الدينامياتالجزيئية النمذجةالجزيئية المعلوماتيةالحيوية تصميمالجزيئات COVID19Résumé : Une consommation excessive de lipides en particulier d’Acides Gras Saturés associé à un
déséquilibre qualitatif contribue à la prévalence de l’obésité. Le récepteurs lipidiques CD36 est un
candidat plausible en tant que capteur lipidique gustatif, également induisant une cascade de
signalisation cellulaire. Le but de cette thèse a été la conception, le criblage et l'identification de
nouvelles molécules bioactives par le développement de workflow basés sur l’approche in silico.
Nous avons utilisé des séries de simulations de dynamique moléculaire de la protéine CD36, en
interaction avec un à trois acides palmitiques (PLM), afin d'établir un premier workflow pour
découvrir le mécanisme du fonctionnement du complexe CD36/Acides gras et de déterminer le rôle
structural de la Lys 164. Les résultats ont montré que la Lys164 influence d'une manière importante
sur la forme de stabilité du CD36 et. La conception grâce aux résultats du premier workflow de 15
molécules activant la voie de signalisation des acides gras et plus particulièrement ceux qui sont
spécifiques au goût de gras. Uniquement, l'analogue CIN4 a montré, par la suite, par criblage
dynamique, une dimérisation des deux domaines TM1 et TM2 qui ressemble à l'acide palmitique.
En outre, les étapes de ce premier workflow ont permis d'explorer le dysfonctionnement gustatif de
la chimio-réception des acides gras spécifiquement le "goût de gras" des patients testés positifs au
COVID-19. Les résultats de cette étude ont montré une affinité élevée et une stabilité du domaine
RBD du SARS-CoV-2 non mutant au récepteur CD36, un deuxième workflow a été établit. Le
criblage virtuel a été utilisé dans un premier temps pour identifier les épitopes critiques pour trois
cibles (CD147, CD209 et CD299). Les résultats ont montré une affinité élevée du domaine RBD du
SARS-CoV-2 pour le récepteur CD299. Le CD36 et CD299 représente, donc, une cible puissante
pour la découverte et la conception d'un nouveau groupe thérapeutiques ciblant le
dysfonctionnement du goût par le Covid 19 et neutralisant le SRAS-CoV-2.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0322021 Président : M’hammed ANSAR Directeur : Rachid EL JAOUDI ; Azeddine IBRAHIMI Co-Directeur de thèse Juge : Anas KETTANI Juge : Khalil HAMMANI Juge : EL HARTI Jaouad ; Youssef RAMLI ETUDE DU MÉCANISME D’INTERACTION ET DE SIGNALISATION DES ACIDES GRAS VIA CD36 AVEC ET SANS INFECTION À LA COVID 19 : DÉVELOPPEMENT DE WORKFLOW D’IDENTIFICATION DE MOLÉCULES BIOACTIVES IN SILICO [thèse] / JIHANE AKACHAR, Auteur . - 2022.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Acide gras CD36 Dynamique moléculaire Modélisation moléculaire Bioinformatique Conception de molécule COVID19 Fatty acid CD36 Molecular dynamics Molecular modeling Bioinformatics Molecule
design COVID19 األحماضالدهنية CD36 الدينامياتالجزيئية النمذجةالجزيئية المعلوماتيةالحيوية تصميمالجزيئات COVID19Résumé : Une consommation excessive de lipides en particulier d’Acides Gras Saturés associé à un
déséquilibre qualitatif contribue à la prévalence de l’obésité. Le récepteurs lipidiques CD36 est un
candidat plausible en tant que capteur lipidique gustatif, également induisant une cascade de
signalisation cellulaire. Le but de cette thèse a été la conception, le criblage et l'identification de
nouvelles molécules bioactives par le développement de workflow basés sur l’approche in silico.
Nous avons utilisé des séries de simulations de dynamique moléculaire de la protéine CD36, en
interaction avec un à trois acides palmitiques (PLM), afin d'établir un premier workflow pour
découvrir le mécanisme du fonctionnement du complexe CD36/Acides gras et de déterminer le rôle
structural de la Lys 164. Les résultats ont montré que la Lys164 influence d'une manière importante
sur la forme de stabilité du CD36 et. La conception grâce aux résultats du premier workflow de 15
molécules activant la voie de signalisation des acides gras et plus particulièrement ceux qui sont
spécifiques au goût de gras. Uniquement, l'analogue CIN4 a montré, par la suite, par criblage
dynamique, une dimérisation des deux domaines TM1 et TM2 qui ressemble à l'acide palmitique.
En outre, les étapes de ce premier workflow ont permis d'explorer le dysfonctionnement gustatif de
la chimio-réception des acides gras spécifiquement le "goût de gras" des patients testés positifs au
COVID-19. Les résultats de cette étude ont montré une affinité élevée et une stabilité du domaine
RBD du SARS-CoV-2 non mutant au récepteur CD36, un deuxième workflow a été établit. Le
criblage virtuel a été utilisé dans un premier temps pour identifier les épitopes critiques pour trois
cibles (CD147, CD209 et CD299). Les résultats ont montré une affinité élevée du domaine RBD du
SARS-CoV-2 pour le récepteur CD299. Le CD36 et CD299 représente, donc, une cible puissante
pour la découverte et la conception d'un nouveau groupe thérapeutiques ciblant le
dysfonctionnement du goût par le Covid 19 et neutralisant le SRAS-CoV-2.Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0322021 Président : M’hammed ANSAR Directeur : Rachid EL JAOUDI ; Azeddine IBRAHIMI Co-Directeur de thèse Juge : Anas KETTANI Juge : Khalil HAMMANI Juge : EL HARTI Jaouad ; Youssef RAMLI Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0322021 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2021 Disponible
Titre : IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE Type de document : thèse Auteurs : KARTTI SOUAD, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa IDENTIFICATION DE BIOMARQUEURS CHEZ DES PATIENTES MAROCAINES ATTEINTES DU CANCER DE SEIN : APPROCHES GENOMIQUES ET METAGENOMIQUE [thèse] / KARTTI SOUAD, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Cancer du sein Biomarqueurs génomique métagenomique séquençage microbiome 16s ARNr Dynamique moléculaire Rothia Breast cancer Biomarkers genomics metagenomics sequencing microbiome 16s rRNA molecular dynamics Rothia الميكروبيوم سرطان الثدي المؤشرات الحيوية، الديناميات الجزيئية روثيا الجينوميات Résumé : Le cancer du sein représente la principale cause de mortalité liée au cancer chez les femmes avec une tendance à la hausse de son incidence. Cette situation représente une menace sérieuse pour la santé des femmes à l'échelle mondiale. L'évolution rapide des technologies de séquençage a permis d’aborder cette problématique et d’explorer le cancer du sein à différents niveaux. L’objectif de cette thèse consiste à identifier des biomarqueurs potentiels génomiques et microbiens pour ce type de cancer. A cet égard nous avons effectué dans une première partie un séquençage d’un panel de 22 gènes chez 16 patientes marocaines. Dans une deuxième partie, un séquençage ciblé métagenomique/microbiomique des tissues tumoraux et adjacents de 50 patientes a aussi été réalisé. Le séquençage de panel de gènes nous a permis d’identifier six SNPs délétères, deux au niveau du gène TP53 (E285K, G262V), deux au niveau du gène APC (V2682M, D989N) et une mutation au niveau des gènes BRCA2 et RAD51C respectivement R2625T, L46H. La mutation R2625T, localisée au niveau du domaine HD-OB1 du BRCA2 a été analysée, via l’utilisation de la modélisation, du docking et de la dynamique moléculaire. Cette analyse in silico n’a pu confirmer la pathogénicité de cette mutation. Au niveau de la deuxième partie, l’analyse métagénomique de l'ARNr 16s a montré une présence majoritaire des phylums Proteobacteria, Firmicutes et Actinobacteria au niveau du tissu mammaire. Toutefois, une différence de diversité entre le tissu tumoral et le tissu sain adjacent a été observée. En effet, le genre Rothia était beaucoup plus abondant au niveau des tissus tumoraux. Son influence sur le développement tumoral nécessite des études plus approfondies qui vont permettre de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents de l'influence des bactéries sur l’évolution du cancer du sein chez les femmes. Les résultats de notre étude suggèrent que la mutation R2625T et les bactéries identifiées, notamment celles appartenant au genre Rothia, pourraient être utilisées comme biomarqueurs génomiques et microbiomiques. Des investigations de validation seront nécessaires pour en faire des biomarqueurs utilisables pour le diagnostic ou le pronostic du cancer du sein.
Numéro (Thèse ou Mémoire) : D0122023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : OBTEL Majdouline Juge : BADOU Abdallah Juge : ZOUAIDIA Fouad ; SBABOU Leila ; DIAWARA Idrissa Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0122023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
Titre : VALORISATION PAR APPROCHE GENOMIQUE DE BACTERIES ISOLEES DU DESERT DE MERZOUGA Type de document : thèse Auteurs : CHEMAO-EL FIHRI MOHAMMED WALID, Auteur Année de publication : 2023 Langues : Français (fre) Mots-clés : Désert Analyse génomique Paenibacillus Bacillus safensis Dynamique moléculaire Enzyme thermostable Catalase Desert Genomic analysis Paenibacillus Bacillus safensis Molecular dynamics Thermostable enzyme Catalase صحراء تحليل الجينوم باينيباسيلوس عصية سافينسيس الديناميكا الجزيئية إنزيم ثابت للحرارة كاتالاز Résumé : Dans les déserts arides, les micro-organismes sont confrontés aux conditions extrêmes du milieu. Ces micro-organismes, dotés de caractéristiques leur permettant de survivre dans ce type d'habitat, sont connus pour leur potentiel en biotechnologie. Dans ce travail de thèse, les génomes des souches Bacillus safensis BcP62 et Bcs96, ainsi que celui de Paenibacillus sp. MDMC362, isolées du désert de Merzouga au Maroc, ont été analysés et ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de comprendre les bases génétiques de leur stratégie de survie et d'identifier les différentes applications biotechnologiques potentielles.
L'utilisation combinée de la dDDH (digital DNA/DNA hybridization), de l'ANI (Average nucleotide identity) et des analyses phylogénétiques ont permis de confirmer que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 appartenaient à l'espèce Bacillus safensis. Ces mêmes analyses n'ont pu identifier la souche MDMC362 qu'à l’échelle du genre, ce qui suggère qu'elle pourrait appartenir à une nouvelle espèce.
Les génomes de ces souches étaient riches en éléments génétiques impliqués dans la lutte contre divers stress. À titre d’exemple, les gènes des opérons groES-groEL et hrcA-grpE-dnaK, ainsi que ceux impliqués dans les différentes étapes de la sporulation, qui peuvent aider les bactéries à survivre aux températures élevées, ont été identifiés.
Ce travail a également révélé que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 contiennent des gènes liés à la promotion de la croissance des plantes, dont la plupart sont conservés. D’autre part, la thermostabilité d'une catalase provenant du génome de la souche Paenibacillus sp. MDMC362 a été testée à l'aide de la dynamique moléculaire. Les résultats des simulations ont démontré que la protéine maintenait sa stabilité et conservait sa structure compacte même à des températuresNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0142023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : Abdallah BADOU Juge : Laila SBABOU ; Rachid ELJAOUDI Juge : Idrissa DIAWARA ; Houda BENRAHMA VALORISATION PAR APPROCHE GENOMIQUE DE BACTERIES ISOLEES DU DESERT DE MERZOUGA [thèse] / CHEMAO-EL FIHRI MOHAMMED WALID, Auteur . - 2023.
Langues : Français (fre)
Mots-clés : Désert Analyse génomique Paenibacillus Bacillus safensis Dynamique moléculaire Enzyme thermostable Catalase Desert Genomic analysis Paenibacillus Bacillus safensis Molecular dynamics Thermostable enzyme Catalase صحراء تحليل الجينوم باينيباسيلوس عصية سافينسيس الديناميكا الجزيئية إنزيم ثابت للحرارة كاتالاز Résumé : Dans les déserts arides, les micro-organismes sont confrontés aux conditions extrêmes du milieu. Ces micro-organismes, dotés de caractéristiques leur permettant de survivre dans ce type d'habitat, sont connus pour leur potentiel en biotechnologie. Dans ce travail de thèse, les génomes des souches Bacillus safensis BcP62 et Bcs96, ainsi que celui de Paenibacillus sp. MDMC362, isolées du désert de Merzouga au Maroc, ont été analysés et ont fait l'objet d'analyses comparatives afin de comprendre les bases génétiques de leur stratégie de survie et d'identifier les différentes applications biotechnologiques potentielles.
L'utilisation combinée de la dDDH (digital DNA/DNA hybridization), de l'ANI (Average nucleotide identity) et des analyses phylogénétiques ont permis de confirmer que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 appartenaient à l'espèce Bacillus safensis. Ces mêmes analyses n'ont pu identifier la souche MDMC362 qu'à l’échelle du genre, ce qui suggère qu'elle pourrait appartenir à une nouvelle espèce.
Les génomes de ces souches étaient riches en éléments génétiques impliqués dans la lutte contre divers stress. À titre d’exemple, les gènes des opérons groES-groEL et hrcA-grpE-dnaK, ainsi que ceux impliqués dans les différentes étapes de la sporulation, qui peuvent aider les bactéries à survivre aux températures élevées, ont été identifiés.
Ce travail a également révélé que les génomes des souches BcP62 et Bcs96 contiennent des gènes liés à la promotion de la croissance des plantes, dont la plupart sont conservés. D’autre part, la thermostabilité d'une catalase provenant du génome de la souche Paenibacillus sp. MDMC362 a été testée à l'aide de la dynamique moléculaire. Les résultats des simulations ont démontré que la protéine maintenait sa stabilité et conservait sa structure compacte même à des températuresNuméro (Thèse ou Mémoire) : D0142023 Président : KETTANI Anass Directeur : IBRAHIMI Azeddine Juge : Abdallah BADOU Juge : Laila SBABOU ; Rachid ELJAOUDI Juge : Idrissa DIAWARA ; Houda BENRAHMA Réservation
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Code barre Cote Support Localisation Section Disponibilité D0142023 WA Thèse imprimé Unité des Thèses et Mémoires Doctorat SVS 2023 Disponible
